我有成千上万个类似的文件,我想在它们内部的模式之后写出各自的名字.例如:
在文件里面有:
>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC
我想得到这个:
nexus0000>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
nexus0000>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC
在文件里面有:
>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC
我想得到这个:
nexus0001>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
nexus0001>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC
等等
到目前为止,我只是设法在第一行中使用以下命令编写文件的名称:
for file in nexus*; do echo "$file"$"$(cat -- "$file")" > "$file"; done
谢谢您的帮助!
解决方法:
sed解决方案:
for f in nexus*; do sed -i "s/^>/$f&/" "$f"; done
或者使用gawk及其inplace扩展(自4.1.0版起可用):
for f in nexus*; do awk -i inplace '/^>/{ $0=FILENAME$0 }1' "$f"; done
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