我正在使用带有Torque / Maui系统的集群.我有一个使用qsub命令提交一个作业的bash脚本,然后做了几件事,比如移动文件,写ASCII文件,并检查我提交的作业的输出.关于此输出,基本上,如果它包含数字1,则需要再次提交作业.如果不同于1,则bash脚本会执行其他操作.
问题是qsub在后台运行,并且所有bash都会立即进行评估.我想强迫qsub表现得非常像awk,cat,sort等…当脚本在这些命令完成后进一步发展 – 如果没有放在后台.
所以,我需要在第一个qsub上停止bash,并在qsub完成后继续运行,这意味着,当作业完成时.有没有办法做到这一点?它将类似于:
-sync y # in the SGE system,for instance.
是)我有的:
#!/bin/bash . . some commands . . qsub my_application # need to wait until my_application get done . . more commands . . my_application_output=(`cat my_application_output.txt`) case "$my_application_output" in ["1"]) qsub my_application ;; ["0"]) some commands ;; ["100"]) some commands ;; *) some commands exit 1 esac . .
一些言论
>使用时不方便:qsub -I -x,一旦我想将输出保留在输出文件中;并且不希望通过启动交互模式锁定节点(-I)
>我想这不是一个简单的工作依赖问题,一旦重新提交1)可能发生,2)不能,而且,最重要的是,如果发生(1),它可能是几次.
谢谢大家
10月3日凌晨4点05分:“这不是一个简单的工作依赖问题”
您必须创建一个简单的作业依赖性问题 – 无论如何都足以让脚本处理.事实上,你的脚本在my_application_output.txt上进行了操作,那为什么不睡觉呢?就像是
#!/usr/bin/env bash # I prefer to have constants at the top my_application_output_fp='/path/to/my_application_output.txt' # # # some commands # # qsub my_application # # # more commands # # # sleep until my_application outputs while [[ ! -r "${my_application_output_fp}" ]] ; do sleep 1 done my_application_output="$(cat ${my_application_output_fp})" # process it
如果my_application_output.txt在my_application结束之前写得太长,请在my_application退出之前更改my_application以写入一个标志文件,并在其上执行以下操作:
#!/usr/bin/env bash my_application_flag_fp='/path/to/my_application_flag.txt' my_application_output_fp='/path/to/my_application_output.txt' # # # some commands # # qsub my_application # # # more commands # # # sleep until my_application writes flag while [[ ! -r "${my_application_flag_fp}" ]] ; do sleep 1 done if [[ ! -r "${my_application_output_fp}" ]] ; then # handle error fi # else my_application_output="$(cat ${my_application_output_fp})" # process it
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