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非唯一索引对pandas的性能有何影响?

如何解决非唯一索引对pandas的性能有何影响?

当索引是唯一的时,熊猫使用哈希表将键映射到值O(1)。当索引不是唯一且排序时,大熊猫使用二进制搜索O(logN),当索引为随机排序时,大熊猫需要检查索引O(N)中的所有键。

您可以调用sort_index方法

import numpy as np
import pandas as pd
x = np.random.randint(0, 200, 10**6)
df1 = pd.DataFrame({'x':x})
df2 = df1.set_index('x', drop=False)
df3 = df2.sort_index()
%timeit df1.loc[100]
%timeit df2.loc[100]
%timeit df3.loc[100]

结果:

10000 loops, best of 3: 71.2 µs per loop
10 loops, best of 3: 38.9 ms per loop
10000 loops, best of 3: 134 µs per loop

解决方法

从pandas文档中,我收集到,唯一值索引使某些操作高效,并且偶尔可以容忍非唯一索引。

从外部看,看起来非唯一索引没有以任何方式被利用。例如,以下ix查询足够慢,以至于似乎正在扫描整个数据帧

In [23]: import numpy as np
In [24]: import pandas as pd
In [25]: x = np.random.randint(0,10**7,10**7)
In [26]: df1 = pd.DataFrame({'x':x})
In [27]: df2 = df1.set_index('x',drop=False)
In [28]: %timeit df2.ix[0]
1 loops,best of 3: 402 ms per loop
In [29]: %timeit df1.ix[0]
10000 loops,best of 3: 123 us per loop

(我意识到这两个ix查询不会返回相同的内容,这只是一个ix对非唯一索引的调用要慢得多的示例)

有什么办法哄骗大熊猫使用更快的查找方法,例如对非唯一索引和/或排序索引进行二进制搜索?

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