使用 pheamap - 编程之家

如何解决使用 pheamap

我想使用 pheatmap 制作一个热图，如果有任何东西在 -1 到 -0.5 之间，它应该是深绿色，在 -0.5 到 -0.10 之间的任何东西都应该是浅绿色，而在 -0.10 到 0 之间的任何东西都应该是白色。同样，0 到 0.10 为白色，0.10 到 0.5 为浅紫色，0.5 到 1 之间的任何为紫色。我也不想扩展我的数据并且没有集群。到目前为止，我在 R 中有这段代码：

0.85    0.63    0.61    0.60    0.53    0.23    0.20    0.15    0.12    0.08    0.04    -0.05   -0.08   -0.19   -0.34   -0.56   -0.78
0.75    0.54    0.51    0.50    0.45    0.41    0.35    0.12    0.08    0.04    -0.01   -0.07   -0.15   -0.45   -0.51   -0.57   -0.68

df <- read.table("test.txt",header = FALSE,sep = "\t")
pheatmap(as.matrix(df),scale="none",cluster_rows = FALSE,cluster_cols = FALSE,annotation_names_col = FALSE,show_colnames= FALSE,color = colorRampPalette(colors = c("darkgreen","white","purple"))(200),main = "A3SS",border_color = NA,fontsize_row=10
)

如何使用 pheatmap 中的中断来实现我的目标？

解决方法

您必须正确设置中断并构建调色板 - 如果您真的想要 200 种颜色，这应该可以完成工作（如果没有看到下一部分）：

library(pheatmap)

 # dummy data
df <- data.table::fread("0.85    0.63    0.61    0.60    0.53    0.23    0.20    0.15    0.12    0.08    0.04    -0.05   -0.08   -0.19   -0.34   -0.56   -0.78
0.75    0.54    0.51    0.50    0.45    0.41    0.35    0.12    0.08    0.04    -0.01   -0.07   -0.15   -0.45   -0.51   -0.57   -0.68")

# make the color pallete
clrsp <- colorRampPalette(c("darkgreen","white","purple"))   
clrs <- clrsp(200) 

breaks1 <- seq(-1,1,length.out = 200)

pheatmap(as.matrix(df),scale="none",cluster_rows = FALSE,cluster_cols = FALSE,annotation_names_col = FALSE,show_colnames= FALSE,color =  clrs,main = "A3SS",breaks = breaks1,fontsize_row=10)

如果您只想使用五种颜色并按照已知值进行精确切割，则可以选择从已制作的 RColorBrewer 包装托盘中采购：

breaks2 <- c(-1,-0.5,-0.1,0.1,0.5,1)

pheatmap(as.matrix(df),color =  rev(RColorBrewer::brewer.pal(5,name = "PiYG")),breaks = breaks2,fontsize_row=10)

或者，您可以在矢量中通知颜色，但文本中没有明确的浅紫色，无论如何您可以使用十六进制颜色代码更精确，然后只是“亮”/“暗”：

pheatmap(as.matrix(df),color =  c("darkgreen","lightgreen","darkorchid1","purple"),fontsize_row=10)