如何解决有没有办法在python中调用多个同名文件来合并一个
*在多个样本上联合运行 L-Express,预提取分离器和不一致
lexpress
-B sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam
-S sample1.splitters.bam,sample2.splitters.bam,sample3.splitters.bam
-D sample1.discordants.bam,sample2.discordants.bam,sample3.discordants.bam
-o multi_sample.vcf*
基本上,使用mpi4py就上述问题寻求帮助。
for eg: ** importing mpi4py module here & the os systems.
x = [ "01","02","03","04","05","06"] i.e defining x variables with multiple sample name.
def wper( int ):
os.system("time lexpress -B "+x[int]+".bam -S "+x[int]+".splitters.bam \
-D "+x[int]+".discordants.bam -o multi_sample.vcf)
comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()
if rank < 5:
wper(rank)
这里我将在“+x[int]+”中调用每个样本变量。
即“+x[0][int]+.bam”“+x[1][int]+.bam”。
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