如何解决snakemake:列出 .smk 文件本身的 pyhton 依赖项的官方方法?
编辑:我们实际上从 Snakemake 本身开始 adding anyconfig support。
是否有官方的标准化方法来指定由 .smk 文件本身导入的 python 模块 dpendencies - 而不是规则使用的?
作为 our pipeline 现代化和大修的一部分,我们正在考虑使用 python anyconfig module 在我们的工作流程中支持多种配置格式。 (目标是:我们可以支持 .yaml/.json files as the current standard,但也支持 the .ini style that our older users have used in the past - 和 for which in the past we used python configparser 模块)。
所以这是一个 conda-forge 包,它需要安装到 snakemake 所在的环境中以及将从中加载工作流的环境中,以便可以处理配置。 (与特定规则的 conda 环境 .yaml 相反,后者安装运行工作流程步骤所需的生物信息学工具)。
这与关注官方 recomendations about tabular data and importing pandas 但不属于 snakemake-minimal 安装的人的情况基本相同。
an environment.yaml file in the base directory as done by the tutorial 会被认为是好的做法吗? 例如:未来版本的蛇部署可以自动获取的东西?
或者不鼓励依赖不是snakemake-minimal(例如:yaml)或snakemake(例如:pandas)的依赖项?
谢谢!
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