如何解决在 macOS 的 conda 环境下使用 R 包
我正在尝试在 macOS 的 conda 环境中使用包含 Rcpp + OpenMP 的 R 包。我阅读了 conda 环境文档;但是,我无法解决以下可重现示例中的问题。大多数文档都基于解决 macOS 上的 OpenMP 问题 (clang+llvm)。我想知道 conda 环境是否有任何资源或文档。这些步骤适用于 Linux 系统(使用 conda)和 macOS(不使用 conda),没有任何问题。
这是可重现的示例:
在 macOS 中:
步骤 1:创建 conda 环境并安装 R:
conda create -n env r-essentials r-base
第 2 步:激活环境
conda activate env
第三步:安装rstudio
conda install -c r rstudio
第四步:安装一些需要的包
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-wcorr
conda install -c r r-ranger
conda install -c conda-forge r-rcpparmadillo
conda install -c r r-testthat
conda install -c conda-forge r-superlearner
conda install -c conda-forge r-polycore
conda install -c conda forge r-logger
conda install -c anaconda llvm
conda install -c conda-forge openmp
第 5 步:运行 rstudio
第 6 步:进入 rstudio
library('devtools')
install_github('fasrc/CausalGPS')
我收到以下错误:
In file included from ColorSpace.cpp:1:
In file included from ./ColorSpace.h:4:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/typeinfo:60:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/exception:81:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/cstdlib:85:
In file included from env/bin/../include/c++/v1/stdlib.h:100:
env/bin/../include/c++/v1/math.h:773:12: error: no member named 'labs' in the global namespace; did you mean 'abs'?
return ::labs(__x);
~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:772:39: note: 'abs' declared here
inline _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY long abs(long __x) _NOEXCEPT {
^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:777:12: error: no member named 'llabs' in the global namespace
return ::llabs(__x);
~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:785:12: error: no member named 'fabsf' in the global namespace
return ::fabsf(__lcpp_x);
~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:789:12: error: no member named 'fabs' in the global namespace; did you mean 'abs'?
return ::fabs(__lcpp_x);
~~^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:772:39: note: 'abs' declared here
inline _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY long abs(long __x) _NOEXCEPT {
^
~/env/bin/../include/c++/v1/math.h:794:12: error: no member named 'fabsl' in the global namespace
return ::fabsl(__lcpp_x);
~~^
我想我需要设置一些环境变量;但是,我无法找出应该导出哪些变量。你有什么想法吗?
解决方法
对我有用,做了一些我认为更好的调整:
- 不要使用 Conda 的 RStudio - 这是一个废弃的项目; see alternatives
- 仅使用 conda-forge 频道 - 混合频道可能会出现动态库问题
- 使用 YAML 以获得更可靠的需求规范
- 明确声明 R 版本 (
r-base
) - 在 the declared
Imports
中包含所有内容(除了作为其他包的依赖项包含的内容) -
conda-forge::r-cli>=3
builds are broken,所以我把它固定到最新的工作版本 - 使用
mamba
因为conda
很慢
这是用于创建环境的 YAML:
causalgps-env.yaml
name: causalgps
channels:
- conda-forge
dependencies:
- r-base=4.1
- r-tidyverse
- r-devtools
- r-xgboost
- r-superlearner
- r-earth
- r-ranger
- r-gam
- r-kernsmooth
- r-gnm
- r-polycor
- r-wcorr
- r-rlang
- r-glue
- r-logger
- r-cli>=2,<3
步骤是:
-
创建环境。
## install Mamba if you don't have it ## conda install -n base conda-forge::mamba mamba env create -n causalgps -f causalgps-env.yaml
-
在环境中运行 R 会话。
conda activate causalgps R
-
安装软件包。
library(devtools) install_github('fasrc/CausalGPS')
-
测试加载。
library(CausalGPS) ## works
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