如何解决使用 xarray 将 metpy 计算变量写入 netcdf
尝试使用 xarray 将来自 metpy 计算的输出写入 netcdf 文件时出现错误:
TypeError: Argument 'data' has incorrect type (expected numpy.ndarray,got Quantity)
这似乎是包含单位信息的metpy的结果,并将变量的数据转换为Pint.Quantity,而不是np.ndarray,但我想不出一种在两者之间进行转换的方法,而将它保存在 xarray 中(我想这样做以维护坐标数据)。
这是示例代码(使用 NCEP 空气温度重新分析):
import xarray as xr
import metpy.calc as mpcalc
data = xr.open_dataset('air.2005.nc')
data['theta'] = mpcalc.potential_temperature(data['level'],data['air'])
data.to_netcdf('theta.2005.nc')
这给出了错误:
TypeError: Argument 'data' has incorrect type (expected numpy.ndarray,got Quantity)
进行 theta 计算后,数据如下:
<xarray.Dataset>
Dimensions: (lat: 91,level: 17,lon: 180,time: 365)
Coordinates:
* time (time) datetime64[ns] 2005-01-01 2005-01-02 ... 2005-12-31
* lon (lon) float64 -180.0 -178.0 -176.0 -174.0 ... 174.0 176.0 178.0
* lat (lat) float64 -90.0 -88.0 -86.0 -84.0 -82.0 ... 84.0 86.0 88.0 90.0
* level (level) float32 1e+03 925.0 850.0 700.0 ... 50.0 30.0 20.0 10.0
Data variables:
air (time,level,lat,lon) float32 ...
theta (level,time,lon) float32 <Quantity([[[[272.32 272.32 ...
Attributes:
CDI: climate Data Interface version 1.9.8 (https://mpimet.mpg....
Conventions: COARDS
history: Wed Nov 25 14:51:47 2020: cdo remap,twoDegreeGrid,remapwe...
title: 4x daily NMC reanalysis (2005)
description: Data is from NMC initialized reanalysis\n(4x/day). It co...
platform: Model
References: http://www.esrl.noaa.gov/psd/data/gridded/data.ncep.reana...
dataset_title: NCEP-NCAR Reanalysis 1
CDO: climate Data Operators version 1.9.8 (https://mpimet.mpg....
是否可以将metpy计算的输出写入netCDF?
解决方法
我完全无法重现您遇到的错误,尽管我知道这在某些时候肯定是一个问题,因此您可能需要考虑将您的 metpy、xarray、numpy 和 pint 版本更新到最新版本可用版本。
不过,如果没有它,如 MetPy 的 Xarray tutorial 中所述,您应该能够:
data.metpy.dequantify()
将所有持有 DataArray
实例的 Quantity
转回它们的基本(numpy-array-backed)版本。
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