为什么 grep 后特定的“samtools 视图”行被破坏了？

如何解决为什么 grep 后特定的“samtools 视图”行被破坏了？

我想提取 readname 列表，其中一个是唯一映射的，另一个是多映射的。

然而，经过一些尝试和错误，我发现

第一个原料

samtools view -@ 6 XXX.sorted.bam | if grep -q XS:i: ; then awk '{print $0}' ;else:;fi | head

总是这样坏的：

1       28543   1       25M     =       29133   615     CTTCAATGCATTCCACAAATACCTA                                                                                                        GGAGGIGGGIGGGGIIGGIGIGIGG        AS:i:0  XS:i:0  XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0 NM:i:0                                                                                                    MD:Z:25  YS:i:0  YT:Z:CP

或者像这样：

AS:i:-6 XS:i:-6 YS:i:0  YT:Z:CP

（即部分 sam 文件）

我怀疑bam文件本身坏了，然后我怀疑

samtools view -@ 6 XXX.sorted.bam| grep CTTCAATGCATTCCACAAATACCTA

但它正常返回

SRR11074254.925964      99      chr1    28543   1       25M     = 28926 408    CTTCAATGCATTCCACAAATACCTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GAGGGIIIIIIIIIIIIIIIIIIII        AS:i:0  XS:i:0  XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0 NM:i:0

是否有任何理由插入“句末”或其他一些工作人员？

先谢谢你，

[修改后的问题]

感谢您的指导和解释。

好的，我重新解释一下情况。 由于原文件比较重，很多工具我都看不懂，所以就简单解释一下。

“samtools view”命令接受 .bam 或 .sam 文件并返回超过 11 个以 \t 作为分隔符的字段。

我想提取带有 "XS:i:" 的行，所以 "grep XS:i:" 和 awk '/XS:i:/' 都可以。

虽然期望每个完整的行都会输出，但出现了一个具有完整字段集的行。

从另一个试验中，我可以理解该行没有损坏，我想知道这是因为 samtools 或 grep 和/或 awk。

grep 或 awk '/' 是否可以部分提取过长的行？ ? 谢谢大家，我明白 grep -q 不适合我的目的。