如何解决激活 Singularity 容器内的 conda 环境
所以，我想这是以一种非常简单的方式完成的，但我没有这方面的经验，所以我不明白这是什么问题。假设我有一个 conda 环境 example_env 和一个 Singularity 图像 example.simg。
我可以运行图像：
singularity run --nv /mnt/appl/singularity_images/pytorch-19.03-py3.simg
一旦我进入 Singularity 容器，我就可以编写 conda activate example_env，它对我来说没有任何问题。
现在，我想从交互部分切换到脚本。因此，我没有使用 singularity run 并进入交互式 shell，而是尝试了 singularity exec: singularity exec example.simg bash scripts/train.sh，其中 train.sh 只包含一个（当然只是现在）命令： conda activate example_env。
但是，现在它不起作用，并给我以下错误：CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'. To initialize your shell,run $ conda init <SHELL_NAME> 如果我尝试按照错误消息并添加 conda init 命令，它没有帮助。
出了什么问题，我如何使用 conda activate 运行 singularity exec？
解决方法
我认为您没有像此 stackoverflow 中显示的那样运行 echo 命令。 我认为您应该查看以下内容。
Activate conda environment on execution of Singularity container in Nextflow
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