如何解决什么是几何形态测量学中的异速生长,使用 procD.lm 函数
我想测试“larvalMorph”数据集中的家庭组中是否存在异速生长。 我执行了一个简单的异速生长模型,我想在家庭组之间进行成对比较。
data("larvalMorph")
Y.gpa <- gpagen(larvalMorph$tailcoords,curves = larvalMorph$tail.sliders,ProcD = FALSE,print.progress = FALSE)
gdf <- geomorph.data.frame(Y.gpa,family = larvalMorph$family)
fit.size <- procD.lm(coords ~ log(Csize),data = gdf,print.progress = FALSE)
summary (fit.size)
Analysis of Variance,using Residual Randomization
Permutation procedure: Randomization of null model residuals
Number of permutations: 1000
Estimation method: Ordinary Least Squares
Sums of Squares and Cross-products: Type I
Effect sizes (Z) based on F distributions
Df SS MS Rsq F Z Pr(>F)
log(Csize) 1 0.50263 0.50263 0.16206 21.661 3.2926 0.001 **
Residuals 112 2.59885 0.02320 0.83794
Total 113 3.10147
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Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Call: procD.lm(f1 = coords ~ log(Csize),print.progress = FALSE)
p 值小于 0.05,因此显着。
问题 1 - 此分析的意义是什么?这是否意味着形状和尺寸之间存在异速生长(形状随尺寸变化而变化)?
然后我想在组之间进行成对比较。 我运行了这段代码,但它不起作用。
PW <- pairwise (fit.size,groups = family)
第二个问题:你能帮我做两两比较吗?
提前致谢
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