在 Snakemake 规则中使用来自 conda env 的 python 模块的问题

如何解决在 Snakemake 规则中使用来自 conda env 的 python 模块的问题

在我在 Snakemake 规则中运行的 python 脚本中，我尝试使用安装在我的 conda 环境之一中的 python 包 =IF(A1=TRUE,B1+120/24,B1+132/24) 。它也列在我从 conda env 生成的 yaml 文件中。

我在 Snakemake 规则中指定了 conda env 的 yaml，然后运行了一个使用 pysam 的 python 脚本，但我得到了一个 pysam。不使用 Snakemake，当我在 conda 环境中运行脚本时，它工作得很好。

在我的 Snakefile 中：

ModuleNotFoundError: No module named ‘pysam’

我正在运行它： rule match: input: "input.bam" output: "output.tsv" conda: "/path/to/condaenv.yml" script: "scripts/match.py" 。

这是错误：

snakemake --profile lsf --use-conda

编辑：这是我的 yaml --

Activating conda environment: /path/to/.snakemake/conda/3824034a93030
Traceback (most recent call last):
  File "/path/to/scripts/tmppa0ynjrn.match.py",line 10,in <module>
    import pysam
ModuleNotFoundError: No module named 'pysam'

为了能够在 python 脚本中使用 conda env 中的模块，我还需要在 Snakemake 中做些什么吗？