如何解决从 bwa-mem2
我正在尝试将我的工作流程从 bwa 升级到 bwa-mem2。此命令通常有效。
/usr/local/bin/bwa mem -K 100000000 -t 4 -Y -R '${readGroup}' ${refFasta} ${F1} ${F2} | \
/usr/local/bin/samblaster -a --addMateTags | /usr/local/bin/samtools view -b -S /dev/stdin > "${label}.refAlign.bam"
但是,一旦我开始使用 bwa-mem2,管道就会中断。
/usr/local/bin/bwa-mem2 mem -K 100000000 -t 4 -Y -R '${readGroup}' ${refFasta} ${F1} ${F2} | \
/usr/local/bin/samblaster -a --addMateTags | /usr/local/bin/samtools view -b -S /dev/stdin > "${label}.refAlign.bam"
我得到以下输出:
samblaster: Version 0.1.26
samblaster: Inputting from stdin
samblaster: Outputting to stdout
-----------------------------
Executing in AVX512 mode!!
-----------------------------
Ref file: /storage1/fs1/dspencer/Active/refdata/hg38/bwa-mem2/all_sequences.fa
Entering FMI_search
reference seq len = 6434693835
samblaster: Input file is empty. Exiting.
samblaster: Premature exit (return code 1).
[main_samview] fail to read the header from "/dev/stdin".
我也将 fasta 文件从常规 bwa 索引更改为 bwa-mem2 索引。
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。