如何解决使用 pyvcf 检查 VCF 中的 ALT 字段是尖括号标记还是尖括号标记列表
是否可以使用 pyvcf python 包检查 VCF 中的 ALT 字段是尖括号标记还是尖括号标记列表?
例如,考虑以下 VCF 行:
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER 信息格式 NA12877_S1
22 42523949。 T ,,,。 PASS END=42533891;SVTYPE=CNV GT:CN:CNL:CNP:CNQ:GP:GQ:PL 0/2:3:-227.7,-17.28,-1.07,-0.04,-2.79,-7.05,-12.06,-17.5,-23.21,-29.09:-229.94,-17.81,-0.56,-0.14,-3.53,-8.94,-14.85,-20.3,-25.85,-48.32:4.2:-0.43.2,-48,-48 -0.19,-1.61,-4.28,-5.17,-2.81,-10.79,-18.37,-10.19,-6.01,-16.28,-23.05,-28.3:3:12,169,2274,9,32 0,70,122,29,119,172,229
ALT 字段为:,
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