保持不同热图的热图颜色范围相同

如何解决保持不同热图的热图颜色范围相同

我有以下代码来制作表示相关矩阵的两个不同的 pheatmap。

A1 <- c(1,2,3,4)
B1 <- c(2,4,1)
C1 <- c(2,5)
D1 <- c(2,1,4)
E1 <- c(2,5)
Gene <- c(1,4)
df1 <- data.frame(Gene,A1,B1,C1,D1,E1)

CorMatrix1 <- cor(df1[,c("A1","B1","C1","D1","E1")])
CorMatrix1

pheatmap(CorMatrix1)

A2 <- c(2,5,6,4)
B2 <- c(4,8,9,3)
C2 <- c(5,7,1)
D2 <- c(1,4)
E2 <- c(3,4)
Gene <- c(1,4)
df2 <- data.frame(Gene,A2,B2,C2,D2,E2)

CorMatrix2 <- cor(df2[,c("A2","B2","C2","D2","E2")])
CorMatrix2

pheatmap(CorMatrix2)

我的问题很简单，我如何操作 pheatmap 色标，以便它们对于两个 pheatmap 是相同的？例如，如何使两个 pheatmap 上的色阶从 -0.5 变为 1？

解决方法

考虑设置您自己的图例范围，包括颜色应更改的间隔。

# load package for color range   
library(RColorBrewer)

# define range (e.g.,-0.5 to 1) and step size (e.g.,0.2)
breaksList = seq(-0.5,1,by = 0.2)

# plot matrix1 with new range
pheatmap(CorMatrix1,color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7,name = "RdYlBu")))(length(breaksList)),breaks = breaksList)

# plot matrix2 with new range
pheatmap(CorMatrix2,breaks = breaksList)