如何解决Snakemake:从 Singularity 中的 Python 脚本导入本地 Python 模块
我对 Snakemake 比较陌生,我想知道在使用奇点环境时是否可以从另一个脚本导入本地 python 模块。在 the instruction 之后,我将目录设置如下:
并在 import utils
中写入 script.py
。
当我使用 --use-conda
而不是 --use-singularity
时,工作流运行没有错误,但是使用 --use-singularity
(使用 this image),它失败并出现错误
ModuleNotFoundError: No module named 'utils'
我现在想知道是否有任何方法可以从脚本导入本地文件。我检查了 doc 但它似乎是关于从 Snakefile 导入的。有人可以帮我吗?
操作系统是 CentOS Linux release 7.8.2003 (Core)
,我使用 Snakemake 6.5.1
和 Python 3.9.5
。
干杯!
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