如何解决Python 中针对每个字符的多个选项列表查找最长字符串子集的最佳方法
我有一个简单的字符串和一个集合列表，其中每个集合是一个包含 2 个可能字符的位置，看起来像：
“AGTCG”
[('A','T'),('C','B'),('G',('T','X'),... ]>
我想在哪里找到最长的匹配。在这个例子中，它将是“TCG”。每组永远不会超过 2 个字符。我想出的最佳解决方案是使用字符组合（ACGT...、ACGX...、ACTT...等）生成每个可能的字符串，然后使用 difflab SequenceMatcher.find_longest_match 并找到最大的结果.我怀疑有更好的方法，但正在努力寻找其他选择。有没有更好的办法？
解决方法
解决了。不是一个精确的解决方案，而是我更大目标的解决方案，它允许绕过这一步。目标是产生对齐，因此如果集合每个位置只有一个字符，例如 ACGTACGT，则字符串 'AGTCG' 将尽可能对齐以产生 A-GT-CG-。在反思之后，与其在递归算法中寻找最大匹配，最好的方法是使用 Smith-Waterman 算法的修改版本。
https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报，一经查实，本站将立刻删除。
