如何防止 bash 脚本中的“conda activate”调用从脚本中获取参数？

如何解决如何防止 bash 脚本中的“conda activate”调用从脚本中获取参数？

我有一个 bash 脚本，我在标志中传递多个参数（以前是位置参数，仍然有同样的问题）。在脚本中，我激活和停用不同的 conda 虚拟环境以运行不同的程序。

如果中间出现任何问题，我想为脚本添加一个选项以停止（这是一个包含许多步骤的漫长工作流程，其中一些步骤冗长和/或计算成本高）。为此，我想到在脚本的开头添加 set -e。

然而，这使得脚本在第一个激活步骤停止，因为 conda activate 命令尝试将我传递给脚本的所有参数也作为它们的参数。示例：

user@pc$ bash myscript.sh -a file1 -b file2 -c path1 -d string1
activate does not accept more than one argument:
['-a','file1','-b','file2','-c','path1','-d','string1']
user@pc$

有点不相关，请注意 conda 如何将标志和参数内容解析为空格分隔的单独参数。

在我的脚本中：

#!/bin/bash
set -e
... [stuff here,defining all the flags] ...
source /home/user/programs/miniconda3/bin/activate
... [the rest of the script]

我浏览了这里和 github，但收效甚微。我见过很多人在处理包含空格的参数和 conda 时遇到问题，但我的问题不完全是那个。我看到了一个 GitHub 问题，他们建议删除 conda activate 脚本的 @args，但是 1) 这可能会破坏事情并且 2) 我有多个环境并且跟踪每个环境的这种解决方法并不是很优化。

我的第一个问题是：能否以某种方式指定 conda activate 步骤不采用父脚本的参数？

最后，我想要做的是，如果中间出现问题，可以停止脚本。因此，我的第二个问题是：如果出现问题，是否有另一种方法可以停止脚本，例如脚本中的每个主要程序都要考虑是否继续？最佳做法是什么？

如果有什么不清楚的地方请告诉我，这是我第一次在这里发帖。

非常感谢！

解决方法

您需要清除位置参数

#!/bin/bash
set -e
... [stuff here,defining all the flags] ...

# if you need,store the current positional params
args=("$@")

# clear the params
set --

source /home/user/programs/miniconda3/bin/activate
... [the rest of the script]

为什么来源activate？根据我的经验，在获取文件时，您通常会定义通用函数，因此不应执行任何代码。但是，如果您希望执行代码，那么您需要了解它将像在调用脚本本身的那个点实际输入一样运行，因此如果它要处理位置参数，他们会更好处于待处理状态（即参见 glenn jackman 的回答）。

您的代码是否可以通过调用 activate 而不是源代码来工作，只传递适用于它的参数？

添加：

当我说“它将像实际输入时一样运行”时，我有点过于简单化了；我对混乱表示歉意，我应该更准确。它在当前 shell 环境的上下文中执行源文件（在您的情况下为 activate 脚本），而不是在子 shell 中执行它。不过，activate 脚本正在执行，请不要误会。

来自手册页：

从当前shell中的文件名读取并执行命令环境并返回最后执行的命令的退出状态从文件名。 [...] 如果提供了任何参数，它们将成为执行文件名时的位置参数。否则位置参数不变。

我不知道最后一部分，这可能是您需要做的事情的关键。如果以及如何在源脚本中操作位置参数，请小心，因为它可能会影响调用脚本：

</tmp/so2603> $ cat foo
#!/usr/bin/env bash

echo -n "FOO #1:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
. bar "$3"
echo -n "FOO #2:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo

</tmp/so2603> $ cat bar
#!/usr/bin/env bash

echo -n "  BAR #1:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
shift
echo -n "  BAR #2 (after shift):"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo

if [[ -n "$BAZ" ]]; then
    set -- "baz"
    echo -n "  BAR #3 (after set):"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
fi

先不设置 BAZ 运行它们，然后使用：

</tmp/so2603> $ ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1: <three four>
  BAR #2 (after shift):
FOO #2: <one> <two> <three four> <five>

</tmp/so2603> $ BAZ=true ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1: <three four>
  BAR #2 (after shift):
  BAR #3 (after set): <baz>
FOO #2: <baz>

但是，函数内部的位置参数与“全局”位置参数处于不同/独立的范围内，因此您可以从函数中获取并完全避免它们：

</tmp/so2603> $ cat foo
#!/usr/bin/env bash

call_bar()
{
    . bar
}

echo -n "FOO #1:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
call_bar
echo -n "FOO #2:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo

bar 脚本保持不变，为您提供：

</tmp/so2603> $ ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1:
  BAR #2 (after shift):
FOO #2: <one> <two> <three four> <five>

</tmp/so2603> $ BAZ=true ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1:
  BAR #2 (after shift):
  BAR #3 (after set): <baz>
FOO #2: <one> <two> <three four> <five>

仅供参考，使用 set -e 有很多优点和缺点：

BashFaq - Why doesn't set -e (or set -o errexit,or trap ERR) do what I expected?

David Pashley's Writing Robust Bash Shell Scripts

当我需要严格的错误检查时，我通常更喜欢使用它，但每个脚本和程序员都是独一无二的，应该独立评估。