访问由 Snakemake 中的函数返回的列表的特定元素

如何解决访问由 Snakemake 中的函数返回的列表的特定元素

在我的 Snakemake 工作流程中，我定义了一个函数，该函数使用之前在工作流程中生成的文件，对其进行解析并返回一个包含 2 个元素的列表，例如：

def get_param_value(wildcards) :
    # do stuff with the wildcards and some files
    return ["element1","element2"]

然后我想在后续规则中使用返回列表的每个值作为独立的 params，例如：

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params :
        param1 = "element1",# First element of the list returned by get_param_value function
        param2 = "element2" # Second element of the list returned by get_param_value function
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'

我试过直接在规则中使用该函数，用

params :
    param1 = get_param_value[0],param2 = get_param_value[1]

但我得到一个 TypeError : 'function' object is not subscriptable（这是预期的，因为它是一个函数）。

您有解决此问题的方法吗？

解决方法

你很接近。您可以避免使用 lambdas 并使用函数，只需将其名称放在不带括号或方括号（如 params: funcname）的位置。具有该名称的函数随后会被 Snakemake 自动调用，并且通配符也会被传递。

这可以在您的上下文中应用如下：

def get_param_value(wildcards) :
    return ["elem1","elem2"]

rule example :
    output :
        'output_file.txt'
    params : 
        string_list = get_param_value
    shell :
        'echo  -param1 {params.string_list[0]} -param2: {params.string_list[1]}'

您可以自己运行它，这是一个最小（工作）示例，在执行时会产生以下结果：

$ snakemake -np -c1

rule example:
    output: output_file.txt
    jobid: 0
    resources: tmpdir=/var/folders/5_/6_lmbd65717dly07dk7r7q200000gn/T

echo "param1: elem1" "param2: elem2"

在 documentation 中阅读有关在规则属性中使用函数的更多信息。

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你可以这样做：

def get_param_value(wildcards,index) :
    with open('file_from_workflow_using_wildcards') as file :
        # do stuff
        res = ["element1","element2"] 
        return res[index]

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params :
        param1 = get_param_value(wildcards,0),# First 
        param2 = get_param_value(wildcards,1) # Second 
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'

或者更好地使用代码中的函数：

res = get_param_value(wildcards)

params :
    param1 = res[0],param2 = res[1]

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经过一番修补并感谢Mario Abbruscato 的建议，我想出了一个解决方案。我改变了两件事：

1. 我将函数返回的列表存储在一个对象中并返回此对象，而不是直接返回列表：

def get_param_value(wildcards) :
    with open('file_from_workflow_using_wildcards') as file :
        # do stuff
        params_list = ["element1","element2"]
        return params_list

2. 我在规则的 params 指令中使用了 lambda 函数来提取列表的元素并将它们分配给不同的参数：

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params :
        param1 = lambda wildcards : get_param_value(wildcards)[0],param2 = lambda wildcards : get_param_value(wildcards)[1]
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'