如何使用R在字符中获得不同的组合？

如何解决如何使用R在字符中获得不同的组合？

这是我的字符 "NGNG" ，这里 N 代表 c("A","T","C","G") 中的任何一个，所以在我的输出中我总共需要 16 种组合，例如 AGAG， TGAG、CGAG、GGAG、TGTG、TGCG、TGGG 等。

如果一开始只有一个更改，例如“NGG”，我可以使用 tidyr 的 expand_grid 轻松完成

RANGE

但是当 N 位于中间或它的倍数时，我正在努力寻找一种方法来做到这一点。

解决方法

expand.grid 后跟 do.call 怎么样？

cart_prod <- expand.grid(c("A","T","C","G"),"G",c("A","G")
do.call(paste0,cart_prod)
[1] "AGAG" "TGAG" "CGAG" "GGAG" "AGTG" "TGTG" "CGTG" "GGTG"
[9] "AGCG" "TGCG" "CGCG" "GGCG" "AGGG" "TGGG" "CGGG" "GGGG"

说明

由于 OP 要求索引 2 和 4 保持为“G”，我们只需让第一个 1^st 和 3^rd 参数在可能的选择上有所不同：{ {1}}。现在，使用前 4 个参数调用 c("A","G") 为：

expand.grid

将产生一个与我们想要的结果同构的 c("A","G") "G" c("A","G") "G" ，因为 data.frame 返回 Cartesian product。

expand.grid

现在，剩下的就是将柱子砸在一起。我们利用 expand.grid(c("A","G") Var1 Var2 Var3 Var4 1 A G A G 2 T G A G 3 C G A G 4 G G A G 5 A G T G 6 T G T G 7 C G T G 8 G G T G 9 A G C G 10 T G C G 11 C G C G 12 G G C G 13 A G G G 14 T G G G 15 C G G G 16 G G G G 和 do.call 来实现这一点。

为什么 paste0 有效？

我在 do.call(paste0,some_data.frame) 上找到了这个很好的解释：The {do.call} function。这是第一行：

“R 有一个有趣的函数叫做 do.call。这个函数允许你调用任何 R 函数，但不是一个一个地写出参数，你可以使用一个列表来保存函数的参数。”

由于 do.call 本质上是一个 data.frame，因此我们可以以通常的方式使用 list。

由于 do.call 的每一列只是一个向量，cart_prod 按元素组合每一列。例如，第一列和第二列是：

paste0

将 cart_prod$Var1 [1] A T C G A T C G A T C G A T C G Levels: A T C G cart_prod$Var2 [1] G G G G G G G G G G G G G G G G Levels: G 应用于这两个，给出：

paste0

如您所见，我们开始看到我们想要的结果。如果我们将此结果与第三列结合起来，我们将得到：

paste0(cart_prod$Var1,cart_prod$Var2)
[1] "AG" "TG" "CG" "GG" "AG" "TG" "CG" "GG"
[9] "AG" "TG" "CG" "GG" "AG" "TG" "CG" "GG"

现在，我们将此结果与最后一列结合起来：

paste0(paste0(cart_prod$Var1,cart_prod$Var2),cart_prod$Var3)
[1] "AGA" "TGA" "CGA" "GGA" "AGT" "TGT" "CGT" "GGT"
[9] "AGC" "TGC" "CGC" "GGC" "AGG" "TGG" "CGG" "GGG"

瞧！我们得到了我们想要的结果。

,

这是一种关于如何实现所需输出的奇怪方法： 以下是有关此解决方案的一些注意事项：

• 我将 map2 函数用大括号包裹起来，这样我就可以自己选择 .x 和 .y 作为 %>% 将 LHS（这里是一个数据框）放在第一个参数中
• exec 函数在参数列表上应用一个函数，它在基础 R 中的作用更像 do.call 并且使用 !!! 将拼接结果列表的元素，使每个元素成为一个then 受行约束的参数

library(purrr)

N <- c("A","G")

expand.grid(N,N) %>%
  {map2(.$Var1,.$Var2,~ paste0(.x,.y,"G"))} %>%
  exec(rbind,!!!.)

      [,1]  
 [1,] "AGAG"
 [2,] "TGAG"
 [3,] "CGAG"
 [4,] "GGAG"
 [5,] "AGTG"
 [6,] "TGTG"
 [7,] "CGTG"
 [8,] "GGTG"
 [9,] "AGCG"
[10,] "TGCG"
[11,] "CGCG"
[12,] "GGCG"
[13,] "AGGG"
[14,] "TGGG"
[15,] "CGGG"
[16,] "GGGG"