如何解决在 Snakemake 中重用代码的最佳实践
我正在尝试使用 snakemake 整理我的数据分析项目,但我不确定在不同的 snakemake 分析中重用代码的最佳做法。
我的不同分析都有许多常见的操作,例如数据缩减,我从文件中读取数据、重新采样并将重新采样的数据写入新文件。然后,我对这些数据绘制了一些图,并绘制了该特定蛇形分析特有的一些附加分析步骤。 现在我不想重写代码来读取和减少每个snakemake分析中的数据。我想知道在多个 snakemake 分析之间共享代码的最佳做法是什么。
一种方法是将我的不同分析作为将所有分析保留在同一个蛇形文件中的规则。因此,对于分析 A,我运行规则 A,对于分析 B,我运行规则 B,但这很快就会变得非常混乱。
另一种方法是在 github(或类似的)上提供我的数据读取和重采样代码,并确保每个 snakemake 分析克隆这个存储库。
我也认为可以将代码添加为依赖项,但这需要我将代码作为合适的包提交?
我希望您能给我一些建议,或者为我指明一些资源的方向,以找出此处的最佳做法。
最好的问候 梅萨拉斯
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