如何避免 Jupyter 单元 ID 一直在变化,从而避免发送 VCS 差异?

如何解决如何避免 Jupyter 单元 ID 一直在变化,从而避免发送 VCS 差异?

q/66678305 中所述,较新的 Jupyter 版本除了存储单元格的源代码输出之外,还存储 ID 以用于例如链接一个单元格。

然而,这些 ID 并不稳定,即使没有触及单元格的源代码,它们也会经常发生变化。因此,如果您将 .ipynb 文件置于版本控制之下,例如git,提交最终有很多听起来很有趣的“更改行”,与提交中所做的任何实际更改都不对应。喜欢,

   {
    "cell_type": "code","execution_count": null,-   "id": "respected-breach",
+   "id": "incident-winning","Metadata": {},"outputs": [],

有没有办法防止这种情况发生?

解决方法

Linux 上 Git 的答案。可能也适用于 MacOS,但不适用于 Windows。

最好不要对 Jupyter 保存的 .ipynb 文件进行 VCS,而是使用不包含所有易失性信息的 过滤 版本。为此,可以使用各种 git hooks;我使用的是基于 https://github.com/toobaz/ipynb_output_filter/blob/master/ipynb_output_filter.py 的。

奇怪的是,事实证明此脚本不能被修改以从单元格中删除 "id" 字段。也就是说,如果您尝试在过滤循环中删除该字段,例如

        for field in ("prompt_number","execution_number","id"):
            if field in cell:
                del cell[field]

那么 write 中的 jupyter_nbformat 函数只会放回一个 id。可以仅将 id 更改 id 为常量,但随后Jupyter 会抱怨 id 不唯一。

为了规避这一点,我现在使用这个过滤器和一个简单的 grep 来删除 ID:

#!/bin/bash
grep -v '^ *"id": "[a-z\-]*",$'

将其存储在例如~/bin/ipynb_output_filter.sh,使其可执行 (chmod +x ~/bin/ipynb_output_filter.sh) 并确保您拥有以下 ~/.gitattributes 文件:

*.ipynb filter=dropoutput_ipynb

并在您的 git 配置(全局 ~/.gitconfig 或项目)中

[core]
         attributesfile = ~/.gitattributes
[filter "dropoutput_ipynb"]
         clean = ~/bin/ipynb_output_filter.sh
         smudge = cat

如果除此之外,您还想使用标准的 Python 过滤器,可以在 grep 中的 ~/bin/ipynb_output_filter.sh 之前调用它,例如

#!/bin/bash
~/bin/ipynb_output_filter.py | grep -v '^ *"id": "[a-z\-]*",$'

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