如何解决Snakemake 数据库更新规则
我想知道如何设计一个数据库更新 (amrfinder db) 并使用snakemake 进行查询。
规则 update_amrfinder,更新数据库并创建一个名为 update_finished.txt 的检查点文件
规则 amrfinder_query 在执行更新后启动数据库查询。
有没有办法在没有检查点文件 update_finished 的情况下工作?
rule update_amrfinder:
output:
db="update_finished.txt",conda:
"../envs/amrfinder.yaml"
shell:
" amrfinder -u 1> {output.db}"
rule amrfinder_query:
input:
fasta="{sample}.fasta",db="update_finished.txt",output:
"{sample}_amrfinder.tsv",conda:
"../envs/amrfinder.yaml"
shell:
" amrfinder -n {input.fasta} 1> {output}"
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