如何解决如何在 bash 脚本中的机器上查明 conda 是否已经可用?
我想创建一个 bash 脚本来在 conda 中安装一个新的虚拟环境“ABC”。但是在我继续运行命令来创建这个环境之前,我想检查一下机器上是否已经安装了 conda。如果未安装,我想安装 miniconda,然后创建环境“ABC”。如果已经安装了 conda,那么我会继续创建环境。 (所有这些都应该发生在同一个脚本中) 我只想知道是否可以在 bash 脚本中检查 conda 是否存在,然后继续进行其余的安装?
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#!/bin/bash
<code_to_check_existence_of_conda_env_here ?>
//If it does not exist,I will run the below code
mkdir -p miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O
miniconda3/miniconda.sh
bash miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
conda env update -f my_env.yml
'''
解决方法
这里的主要问题是 Conda 有多个组件。加载哪些组件取决于 Conda 的安装方式以及 BASH 脚本在哪个用户下执行。我将尝试描述这些组件,希望您能决定哪些适合验证。
Conda 组件
1:Conda 包
第一个是 Python 包 conda
,安装在 Anaconda/Miniconda/Miniforge base 环境中。 如果基础环境被激活,可以测试
python -m conda
这将给出类似
/path/to/python: No module named conda
如果它不存在。否则,它会输出 conda
入口点的文档。
2:Conda 入口点
入口点 conda
充当 CLI,位于 Anaconda/Miniconda/Miniforge 安装的 condabin
目录下。当用户运行 conda init
时,托管部分会添加到其 shell 初始化文件(.bashrc
for Linux BASH)中,其中包含将 condabin
添加到 PATH 的代码。这很可能是 OP 想要识别的,但是,使用 shebang /bin/bash
运行不会加载 .bashrc
文件。相反,人们可能应该使用
#!/bin/bash -l
或
#!/usr/bin/env bash -l
然后可以用
定位入口点which conda
3:Conda 激活
最后,Conda 还包含了一些 shell-only 函数,这些函数在前面提到的 shell 初始化代码中定义。这设置了一个中间人shell函数,也叫conda
(本质上是一个别名),可以用
type conda
此函数用于确定是否正在请求 conda (de)?activate
命令,这些命令是纯 shell 函数,还是需要转发到入口点的内容。
推荐
如果是我设计的,我会编写一个 交互式 脚本来检查 #2 (which conda
),如果出现空白,则 提示用户要么提供 Conda 入口点的 PATH(也许他们将其安装在一个奇怪的地方或没有运行 conda init
)或安装 Miniforge。1>
我也不会使用基础环境来安装东西——这对最终用户来说是个坏主意,更不用说第三方了——而是创建一个新环境。我会提示用户使用特定的默认环境名称,但也会为他们提供自定义选项。
[1] 是的,Miniforge,不是 Miniconda。 Anaconda defaults 频道的商业用途现在需要付费许可,因此最好使用免费的 Miniforge。
,我不太擅长 bash 脚本,但我会执行命令:
pip3 freeze | grep conda
并根据输出(如果退出状态是否为错误)安装它或直接创建环境。
,在您的机器上运行命令 delete from productfilters
where productid in (Select id from products where name='Mark') and Id>200;
,安装和未安装时输出会有所不同,然后在输出上运行 if 语句。
在 bash 中,如果我们要检查某个软件是否安装,则使用以下检查。
if dpkg -l $SOFTWARE; then
<Do stuff>
,
确保conda
这听起来像是 the experimental tool ensureconda
旨在解决的预期问题。但是,这需要使用 pip 安装 Python:
pip install ensureconda
这里是命令选项:
$ ensureconda --help
Usage: ensureconda [OPTIONS]
Ensures that a conda/mamba is installed.
Options:
--mamba / --no-mamba search for mamba
--micromamba / --no-micromamba search for micromamba,install if not
present
--conda / --no-conda search for conda
--conda-exe / --no-conda-exe search for conda.exe / conda-standalone,install if not present
--no-install don't install conda/mamba if no version can
be discovered
--min-conda-version VERSIONNUMBER
minimum version of conda to accept (defaults
to 4.8.2)
--min-mamba-version VERSIONNUMBER
minimum version of mamba/micromamba to
accept (defaults to 0.7.3)
--help Show this message and exit.
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