如何解决R 素食包：从 permanova (adonis)
我正在尝试使用 vegan 包中的 adonis 函数生成 PERMANOVAS。我正在测试许多不同的因素，看看哪些是重要的。对于我的元数据中的某些因素，一些样本是 NA。显然，当我尝试为这些因素生成 permanova 时，出现错误。我不想从数据集中删除具有 NA 值的行，因为它们只在某些列中，我想包括这些样本以分析其他因素。我也不想用另一个值（即 0）填充 NA 列，因为这可能会影响结果。我正在寻找一种在生成每个 permanova 时排除 NA 值的方法。
我都试过了
propData<-as.data.frame(t(otu_table(otu)))
propData_bray<-vegdist(propData,"bray")
adonis(formula = propData_bray ~ pH,data=new_Meta,na.action=na.exclude)
和
adonis(formula = propData_bray ~ pH,na.action=na.omit)
otu 表没有 NA 值。 以下是元数据的示例：
| 样本 | 因素A | factorB | 因子C | 因子D |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 是的 | 3 | 不适用 | 0.5 |
| 2 | 是的 | 4 | 没有 | 1 |
| 3 | 没有 | 不适用 | 是的 | 0.05 |
| 4 | 是的 | 3 | 是的 | 0.7 |
| 5 | 不适用 | 0 | 不适用 | 1.5 |
对于因子A，我将包括样本1-4、因子B 1-2 & 4-5 等
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