按体积查询空间分区树

所以我有一个空间模型（地质块模型），我需要查询特定体积。

最简单的方法是从 scikit-learn 或 scipy 构建我的空间模型的 KDTree（尽管 scipy 的树在我的测试中速度更快）然后生成一个在我的卷内整束或均匀分布的随机点，比如说 100,000 个点，然后逐个查询。

这行得通，而且搜索 KDTree 很便宜，我认为它的平均时间是 O(log2n)，所以需要几秒钟，但我只需要运行这个脚本，可能一次一周。

但解决方案很丑陋，我宁愿不走这条路。我查看了 scipy.spatial，但找不到符合要求的任何东西。

有什么想法/包/算法可以做到这一点？

我在 GIS SE 上问过这个问题，但没有收到任何回复。