如何解决蛇形 - 缺少规则 Salmon_quant 的输入文件：错误
我正在尝试在 conda/mamba 环境中通过snakemake 使用鲑鱼处理大量RNA-seq 数据。
我在运行 snakemake 时收到以下错误：
(snakemake) pratik@pratik:~/Desktop/ra-fls$ snakemake --cores
Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 75 of /home/pratik/Desktop/ra-fls/Snakefile:
Missing input files for rule salmon_quant:
fastq/SRR3350597_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
这是我的 Snakefile：
DATASETS = ["SRR3350543_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350544_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350545_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350546_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350547_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350548_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350549_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350550_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350551_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350552_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350553_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350554_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350555_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350556_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350557_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350558_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350559_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350561_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350562_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350563_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350564_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350565_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350566_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350567_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350568_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350569_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350570_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350571_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350572_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350573_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350574_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350575_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350576_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350577_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350578_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350579_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350580_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350581_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350582_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350583_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350584_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350585_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350586_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350587_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350588_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350589_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350590_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350591_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350592_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350593_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350595_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350596_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350597_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350598_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350599_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350600_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350601_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350602_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350603_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350604_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350605_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350606_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350607_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350608_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350609_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350610_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350611_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq","SRR3350612_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq"]
SALMON = "/home/pratik/anaconda3/envs/salmon/bin/salmon"
rule all:
input: expand("quants/{dataset}/quant.sf",dataset=DATASETS)
rule salmon_quant:
input:
r1 = "fastq/{sample}_1.fastq.gz",r2 = "fastq/{sample}_2.fastq.gz",index = "gencode.v38_salmon_1.5.0"
output:
"quants/{sample}/quant.sf"
params:
dir = "quants/{sample}"
shell:
"{SALMON} quant -i {input.index} -l A -p28 --validateMappings \
--gcBias -o {params.dir} \
-1 {input.r1} -2 {input.r2}"
我尝试更改 r1 和 r2 输入的文件路径。但是我认为我缺少某些东西或拥有的东西太多了。
这是我的 ls，其中 fastq 文件夹包含所有 fastq.gz 文件，转录组位于 gencode.v38_salmon.1.5.0 文件夹中，而 quants 文件夹为空：
(snakemake) pratik@pratik:~/Desktop/ra-fls$ ls
fastq gencode.v38.transcripts.fa.gz Snakefile
gencode.v38_salmon_1.5.0 quants sra_explorer_fastq_aspera_download.sh
这是fastq文件夹：
(snakemake) pratik@pratik:~/Desktop/ra-fls/fastq$ ls
SRR3350543_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350543_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350544_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350544_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350545_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350545_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350546_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350546_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350547_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350547_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350548_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350548_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350549_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350549_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350550_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350550_GSM2112323_RA_knee_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350551_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350551_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350552_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350552_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350553_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350553_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350554_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350554_GSM2112324_RA_knee_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350555_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350555_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350556_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350556_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350557_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350557_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350558_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350558_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350559_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350559_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350561_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350561_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350562_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350562_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350563_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350563_GSM2112325_RA_knee_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350564_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350564_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350565_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350565_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350566_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350566_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350567_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350567_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350568_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350568_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350569_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350569_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350570_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350570_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350571_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350571_GSM2112326_RA_knee_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350572_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350572_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350573_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350573_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350574_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350574_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350575_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350575_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350576_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350576_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350577_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350577_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350578_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350578_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350579_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350579_GSM2112327_RA_knee_5_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350580_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350580_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350581_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350581_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350582_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350582_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350583_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350583_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350584_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350584_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350585_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350585_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350586_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350586_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350587_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350587_GSM2112328_RA_hip_1_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350588_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350588_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350589_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350589_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350590_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350590_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350591_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350591_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350592_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350592_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350593_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350593_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350595_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350595_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350596_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350596_GSM2112329_RA_hip_2_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350597_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350598_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350598_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350599_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350599_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350600_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350600_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350601_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350601_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350602_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350602_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350603_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350603_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350604_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350604_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350605_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350605_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350606_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350606_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350607_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350607_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350608_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350608_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350609_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350609_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350610_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350610_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350611_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350611_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
SRR3350612_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz
SRR3350612_GSM2112331_RA_hip_4_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz
解决方法
我认为 Snakefile 没问题，只是缺少 SRR3350597_GSM2112330_RA_hip_3_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz。查看您的 ls 输出，该文件不在其中。
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