查找序列中子序列的位置

如何解决查找序列中子序列的位置

l1 = "GATATATGCATATACTT"
l2 = "ATAT"

for i in range(len(l1)):
    if l1[i] == "A" and l1[i+1] == "T" and l1[i+2] == "A" and l1[i+3] == "T":
       print (i+1)

L1 是主序列 L2 是我试图在 L1 中找到的子序列。上面的代码确实给了我正确的输出 (2,4,10) 但有没有更好的方法？我是编码新手，我想如果我有一个更大的序列，这可能效率不高。谢谢！

解决方法

您可以使用 re 模块。但首先将 l2 字符串转换为正则表达式：

A(?=TAT)

然后你可以使用re.finditer：

import re

l1 = "GATATATGCATATACTT"
l2 = "ATAT"

search_string = "{}(?={})".format(l2[0],l2[1:])

out = [m.start() + 1 for m in re.finditer(search_string,l1)]
print(out)

打印：

[2,4,10]