如何解决蛇形 - 访问不在 bin/ 中的 conda 环境资产
我在我的工作流程中使用了一些 conda 环境,其中包含在环境 bin/ 路径中不的有用资产(数据、模型等),例如在 share/ 、 opt/ 或其他下找到的特定文件。
是否有从工作流程中访问这些路径的标准方法?也许是一个包含环境路径的变量?否则,我发现自己使用各种 Linux 技巧来定位这些文件。诸如此类:
rule snap:
...
conda:
snap.yaml
shell:
"""
# find env dir
env=`grep -l snap ./.snakemake/conda/*.yaml | xargs basename | sed 's/\.yaml//'`
snap ./.snakemake/conda/$env/share/HMM/X.hmm {input}
"""
关于如何处理此类案件的任何想法?
解决方法
变量 $CONDA_PREFIX
包含当前激活环境的路径。从那里可以轻松前往share
、opt
等。
如果这没有帮助,请尝试发布您的设置的目录树以及您想要访问的内容,因为它并不完全清楚,至少对我来说是这样。
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