逐行分析文本文件,跳过某些行

如何解决逐行分析文本文件,跳过某些行

|| 我有一个看起来像这样的文件(但更大):
>some text
ABC
DEF
GHI
>some more text
JKL
MNO
PQR
我已经在Java中使用它一段时间了,并且能够使用行等构建数组。带有\'> \'的行通常是一行,但有时可能是2、3或更多行。不以\'> \'开头的行的字符长度相同,但其中可能有10、20或30或更多行。现在,我要创建一个字符串数组,该数组中的每个字符串都包含一个不以\'> \'开头的行的字符串,如下所示:
array element 1 = ABCDEFGHI
array element 2 = JKLMONPQR
我感觉自己已经接近了,但需要踢个小脚才能使我前进。我确信这对于专业人士来说很容易,但是我还是Java的新手。 具体问题与我在此板上发布的其他帖子有关。这是一个FASTA文件:
>3BHS_BOVIN (P14893) 3 beta-hydroxysteroid
AGWSCLVTGGGGFLGQRIICLLVEEKDLQEIRVLDKVFRPEVREEFSKLQSKIKLTLLEG
DILDEQCLKGACQGTSVVIHTASVIDVRNAVPRETIMNVNVKGTQLLLEACVQASVPVFI
>41_BOVIN (Q9N179) Protein 4.1 
MHCKVSLLDDTVYECVVEKHAKGQDLLKRVCEHLNLLEEDYFGLAIWDNATSKTWLDSAK
EIKKQVRGVPWNFTFNVKFYPPDPAQLTEDITRYYLCLQLRQDIVSGRLPCSFATLALLG
SYTIQSELGDYDPELHGADYVSDFKLAPNQTKELEEKVMELHKSYRSMTPAQADLEFLEN
>5NTD_BOVIN (Q05927) 5\'-nucleotidase 
MNPGAARTPALRILPLGALLWPAARPWELTILHTNDVHSRLEQTSEDSSKCVNASRCVGG
VARLATKVHQIRRAEPHVLLLDAGDQYQGTIWFTVYKGTEVAHFMNALGYESMALGNHEF
DNGVEGLIDPLLKEVNFPILSANIKAKGPLASKISGLYSPYKILTVGDEVVGIVGYTSKE
TPFLSNPGTNLVFEDEITALQPEVDKLKTLNVNKIIALGHSGFEVDKLIAQKVKGVDVVV
我最终需要在它们自己的数组元素中的序列,以便以后可以对其进行操作。     

解决方法

        假设您可以遍历各行:
List<String> array = new ArrayList<String>();
StringBuilder buf = new StringBuilder();
for (String line : lines) {
  if (line.startsWith(\">\")) {
    if (buf.length() > 0) {
      array.add(buf.toString());
      buf.setLength(0);
    }
  } else {
    buf.append(line);
  }
}
if (buf.length() > 0) { // Add the final text element(s).
  array.add(buf.toString());
}
    ,        尝试这个。我没有理会适当的变量名。假设第一行带有>,它也可以工作。它可能也没有进行优化,但是应该让您知道如何实现。
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.StringReader;
import java.util.ArrayList;


public class Parse {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        String lala = \">some text\\r\\n\" + 
                \"ABC\\r\\n\" + 
                \"DEF\\r\\n\" + 
                \"GHI\\r\\n\" + 
                \">some more text\\r\\n\" + 
                \"JKL\\r\\n\" + 
                \"MNO\\r\\n\" + 
                \"PQR\";

        ArrayList<String> lines = new ArrayList<String>();

        BufferedReader in = new BufferedReader( new StringReader( lala ) );

        String line;
        while( ( line = in.readLine() ) != null ) {
            lines.add( line );
        }

        ArrayList<String> parsed = new ArrayList<String>();

        for( String s : lines ) {
            if( s.contains(\">\") ) {
                parsed.add(\"\");
            } else {
                String current = parsed.get( parsed.size() - 1 );
                parsed.set( parsed.size() - 1,current + s );
            }
        }

        for( String s : parsed ) {
            System.out.println( s );
        }
    }

}
以上将输出:
ABCDEFGHI
JKLMNOPQR
另一个有趣的方法是在\'in.readLine()\'循环中,您可以检查>,如果存在,则在该字符串的末尾添加一个<,然后将其压入\'lines \'。然后,您可以使用正则表达式将其他行撤回。     ,        像这样吗
Array<String> lines    
 //Open the file for reading
    try {    
       BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(<FileNameGoesHere>));
       while ((thisLine = br.readLine()) != null) { // while loop begins here
         if(thisLine.charAt(0) != \'>\') {
           lines.add(thisLine);
         }
       } // end while 
     } // end try
     catch (IOException e) {
       System.err.println(\"Error: \" + e);
     }
    ,        跳过以“ 7”开头的行很容易;
while((line=istream.readLine())!=null){
    if(line.charAt(0)==\'>\')continue;

    //do normal concat to buffers
}
如果您想转到以ѭ7starting开始的行中的下一个缓冲区,则需要更多的时间
while((line=istream.readLine())!=null){
    if(line.charAt(0)==\'>\'){
         //create new buffer and append the current one to the list (check first if current one is not empty)
         continue;
    }

    //do normal concat to buffer
}
    

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。

相关推荐


使用本地python环境可以成功执行 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt # 设置字体 plt.rcParams[&#39;font.sans-serif&#39;] = [&#39;SimHei&#39;] # 能正确显示负号 p
错误1:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误还原:controller层有一个接口,访问该接口时报错:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误原因:没有接收到前端传入的参数,修改为如下 参考 错误2:cannot r
错误1:启动docker镜像时报错:Error response from daemon: driver failed programming external connectivity on endpoint quirky_allen 解决方法:重启docker -&gt; systemctl r
错误1:private field ‘xxx‘ is never assigned 按Altʾnter快捷键,选择第2项 参考:https://blog.csdn.net/shi_hong_fei_hei/article/details/88814070 错误2:启动时报错,不能找到主启动类 #
报错如下,通过源不能下载,最后警告pip需升级版本 Requirement already satisfied: pip in c:\users\ychen\appdata\local\programs\python\python310\lib\site-packages (22.0.4) Coll
错误1:maven打包报错 错误还原:使用maven打包项目时报错如下 [ERROR] Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin:3.2.0:resources (default-resources)
错误1:服务调用时报错 服务消费者模块assess通过openFeign调用服务提供者模块hires 如下为服务提供者模块hires的控制层接口 @RestController @RequestMapping(&quot;/hires&quot;) public class FeignControl
错误1:运行项目后报如下错误 解决方案 报错2:Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.8.1:compile (default-compile) on project sb 解决方案:在pom.
参考 错误原因 过滤器或拦截器在生效时,redisTemplate还没有注入 解决方案:在注入容器时就生效 @Component //项目运行时就注入Spring容器 public class RedisBean { @Resource private RedisTemplate&lt;String
使用vite构建项目报错 C:\Users\ychen\work&gt;npm init @vitejs/app @vitejs/create-app is deprecated, use npm init vite instead C:\Users\ychen\AppData\Local\npm-
参考1 参考2 解决方案 # 点击安装源 协议选择 http:// 路径填写 mirrors.aliyun.com/centos/8.3.2011/BaseOS/x86_64/os URL类型 软件库URL 其他路径 # 版本 7 mirrors.aliyun.com/centos/7/os/x86
报错1 [root@slave1 data_mocker]# kafka-console-consumer.sh --bootstrap-server slave1:9092 --topic topic_db [2023-12-19 18:31:12,770] WARN [Consumer clie
错误1 # 重写数据 hive (edu)&gt; insert overwrite table dwd_trade_cart_add_inc &gt; select data.id, &gt; data.user_id, &gt; data.course_id, &gt; date_format(
错误1 hive (edu)&gt; insert into huanhuan values(1,&#39;haoge&#39;); Query ID = root_20240110071417_fe1517ad-3607-41f4-bdcf-d00b98ac443e Total jobs = 1
报错1:执行到如下就不执行了,没有显示Successfully registered new MBean. [root@slave1 bin]# /usr/local/software/flume-1.9.0/bin/flume-ng agent -n a1 -c /usr/local/softwa
虚拟及没有启动任何服务器查看jps会显示jps,如果没有显示任何东西 [root@slave2 ~]# jps 9647 Jps 解决方案 # 进入/tmp查看 [root@slave1 dfs]# cd /tmp [root@slave1 tmp]# ll 总用量 48 drwxr-xr-x. 2
报错1 hive&gt; show databases; OK Failed with exception java.io.IOException:java.lang.RuntimeException: Error in configuring object Time taken: 0.474 se
报错1 [root@localhost ~]# vim -bash: vim: 未找到命令 安装vim yum -y install vim* # 查看是否安装成功 [root@hadoop01 hadoop]# rpm -qa |grep vim vim-X11-7.4.629-8.el7_9.x
修改hadoop配置 vi /usr/local/software/hadoop-2.9.2/etc/hadoop/yarn-site.xml # 添加如下 &lt;configuration&gt; &lt;property&gt; &lt;name&gt;yarn.nodemanager.res