在R中使用Apply函数的Fisher检验

如何解决在R中使用Apply函数的Fisher检验

| 以下是代码：问题是计算速度很慢。 矩阵

gene1

，

gene2

且长度都不相同（8000）

pos <- c()
neg <- c()
either <- c()
for(i in 1:ncol(both)){
    x <- cbind(both[,i],gene1[,gene2[,neither[,i])
    test <- apply(x,1,function(s){fisher.test(matrix(s,nrow = 2),alternative = \"greater\")$p.value})
    pos <- c(test,pos)
    test1 <- apply(x,alternative = \"less\")$p.value})
    neg <- c(test1,neg)
    test2 <- apply(x,nrow = 2))$p.value})
    either <- c(test2,either)
    }

    

解决方法

        您可以尝试使用

lapply

遍历不同的选择（较小，较大，双面），并将fisher.test调用包装在您自己的函数中。也许是这样的：

myTest <- function(altn,x){
    ft <- apply(x,1,FUN=function(s,alt) {
                        fisher.test(matrix(s,nrow=2),alternative=alt)$p.value},alt=altn)
}

pos <- c()
neg <- c()
either <- c()
for(i in 1:ncol(both)){
    x <- cbind(both[,i],gene1[,gene2[,neither[,i])
    rs <- lapply(c(\'two.sided\',\'greater\',\'less\'),myTest,x=x)
    pos <- c(rs[[2]],pos)
    neg <- c(rs[[3]],neg)
    either <- c(rs[[1]],either)
}

如果没有可供检查的测试数据，我不能保证您不会遇到任何麻烦，但是这种基本策略应该可以满足您的要求。 请注意，这仍然以较小的形式多次调用

fisher.test

。我不知道一个函数可以在一次调用中使用所有三种选择来计算Fisher测试，但是也许其他人会考虑其中一种。