如何解决如何使用 Snakemake 的命令行配置选项传递列表或字典
我想使用 --config
CLI 选项传递要通过我的 Snakemake 工作流程生成的文件名列表。我需要什么语法?
解决方法
只需在命令行中以python语法指定列表即可:
snakemake -n --config files=['file1.txt','file2.csv']
然后,您可以在示例 Snakemake 规则中访问此列表,如下所示:
rule all:
input: expand({filename},filename=config['files'])
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。