如何解决R:开发具有生物导体依赖性的 R 包早期解决方案失败
我正在开发一个 R 包以安装在 cran 上,对于其中一个帮助页面/在示例部分,需要加载一个 Bioconductor 数据集。
正如发现的 here 所见,自动安装 Bioconductor 软件包的技巧是将 biocViews:
添加到说明文件中,该文件不再工作。
相反,
\examples{
\dontrun{
if (requireNamespace("GEOquery","Biobase")) {
myGEO <- GEOquery::getGEO("GDS3143")
eset <- GEOquery::GDS2eSet(myGEO)
xpr <- na.omit(data.frame(Biobase::exprs(eset)))
dose <- c(rep(0,10),rep(0.5,4),rep(1,8),rep(5,rep(10,9),rep(30,5),rep(50,4))
plot(dose,xpr[78,],col=as.factor(dose),lwd=2,ylab ="expression")
}
}}
“有效”,但显然不是合适的方法。 (::
用于防止 Bioconductor 包屏蔽现有的 R 函数)
是否有另一种方法可以在(我的)安装包时自动安装 Bioconductor 包? (描述文件和命名空间的一些修改?)
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