带有配置文件的 STAR 蛇形包装器

如何解决带有配置文件的 STAR 蛇形包装器

我正在尝试将 STAR 包装器用于 snakemake（描述为 here），但想要包含一个使用 --sjdbGTFfile 标志的注释文件选项。我的目标是通过引用一个配置文件来指定一个 gtf 注释文件，但我似乎无法让它工作。

我的配置文件的相关片段：

annotations: ref_files/cal09_human/GRCh38.103_Cal09.gtf

相关规则如下所示：

rule map_reads:
    message:
        """
        Mapping trimmed reads from {wildcards.sample} to host genome
        """
    input:
        fq1 = "tmp/{sample}_R1_trimmed.fastq.gz",fq2 = "tmp/{sample}_R2_trimmed.fastq.gz"
    params:
        index= config["genome_index"],extra="--sjdbGTFfile {config[annotations]} \
            --sjdbOverhang 149 \
            --outFilterType BySJout \
            --outFilterMultimapNmax 10 \
            --alignSJoverhangMin 5 \
            --alignSJDBoverhangMin 1 \
            --outFilterMismatchNmax 999 \
            --outFilterMismatchNoverReadLmax 0.04 \
            --alignIntronMin 20 \
            --alignIntronMax 1000000 \
            --alignMatesGapMax 1000000 \
            --outFilterIntronMotifs RemoveNoncanonicalUnannotated \
            --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
            --runMode alignReads"
    output:
        "star_mapping/{sample}_Aligned.sortedByCoord.out.bam"
    log:
        "logs/star/{sample}.log"
    threads: 20
    wrapper:
        "0.74.0/bio/star/align"

我将配置文件指定为在 shell 命令中（如描述的 here），但它不起作用：

Jun 03 16:49:52 ..... started STAR run
Jun 03 16:49:52 ..... loading genome
Jun 03 16:50:32 ..... processing annotations GTF

FATAL error,could not open file pGe.sjdbGTFfile={config[annotations]}

Jun 03 16:50:32 ...... FATAL ERROR,exiting

我直接在终端中运行以下命令，它运行得很好：

STAR --runThreadN 24 \
 --genomeDir ref_files/cal09_human_star_index \
 --sjdbGTFfile ref_files/cal09_human/GRCh38.103_Cal09.gtf \
 --sjdbOverhang 149 \
 --outFilterType BySJout \
 --outFilterMultimapNmax 10 \
 --alignSJoverhangMin 5 \
 --alignSJDBoverhangMin 1 \
 --outFilterMismatchNmax 999 \
 --outFilterMismatchNoverReadLmax 0.04 \
 --alignIntronMin 20 \
 --alignIntronMax 1000000 \
 --alignMatesGapMax 1000000 \
 --outFilterIntronMotifs RemoveNoncanonicalUnannotated \
 --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
 --runMode alignReads

我仔细检查了我没有犯一个明显的错误，比如在配置文件中错误指定了文件路径。有没有人知道实现我想要做的事情的方法？

解决方法

extra="--sjdbGTFfile {config[annotations]} \
            --sjdbOverhang 149 ..."

似乎 {config[annotations]} 没有被字典值替换，而是按原样传递。

如果您使用的是 python 3.6+，请尝试使用（注意 f）

extra=f"--sjdbGTFfile {config[annotations]} \
            --sjdbOverhang 149 ..."

或者，旧样式：

extra= "--sjdbGTFfile %s \
            --sjdbOverhang 149 ..." % config[annotations]