Conda biopython 环境

如何解决Conda biopython 环境

我正在尝试从包含单个条目的 yaml 文件创建 conda 环境。求解环境过程需要很长时间。你能告诉我如何加速求解过程吗？

environ.yaml

channels:
  - bioconda
dependencies:
  - biopython   >=1.70

conda env create -n biopython -f environ.yaml 

解决方法

首先，应该遵循Bioconda has specific channel requirements。您的本地频道配置中可能已经有 Conda Forge，但更好的做法是将其明确包含在 YAML 中。

其次，仅指定 biopython 会使实际的 Python 版本保持打开状态，并可能导致大量求解。您应该通过在次要版本中指定 Python 来改进求解。

第三，Conda 求解器的速度非常慢，尤其是在 Conda Forge 频道正在运行时。生物信息学社区中的许多人一直在采用 Mamba，这是一个编译的（更快！）插入式替代品。安装很简单 (conda install -n base conda-forge::mamba)，然后像使用 conda 一样使用它。¹

总结一下，尝试以下操作：

environ.yaml

name: biopython
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - python=3.9
  - biopython>=1.70

然后

mamba env create -n biopython -f environ.yaml

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_{[1] 请注意，mamba 不会替换 conda activate，后者是一个 shell 函数。但是 conda 和 conda-env 入口点的命令部分，如 install、create、remove 等，每个都有一个 mamba 对应物。}