在 R 中绘制 GAM：设置自定义 x 轴限制？

如何解决在 R 中绘制 GAM：设置自定义 x 轴限制？

在绘制 GAM 模型的预测拟合时，有没有办法设置 x 轴限制？更具体地说，我使用“by =”为因子的每个级别拟合了一个平滑器，但是，每个因子级别都有不同的值范围。在 ggplot 中绘制变量会导致 x 轴自动适应 'x' 的不同范围；然而，在拟合 GAM (mgcv::gam()) 后，plot.gam() 的默认行为似乎是预测跨共享 x 轴限制的值。

下面的虚拟数据有一些连续变量“x”，但在我的真实数据中，“x”是时间（年），“组”是采样位置。因为我没有在同一时间范围内从每个站点收集数据，所以我觉得在这些空白年中展示模型拟合是不合适的。

library(tidyverse)
library(mgcv)
library(gratia)


theme_set(theme_classic())

## simulate data with a grouping variable of three levels:

d = data.frame(group = rep(c('A','B','C'),each = 100),x = c(seq(0,1,length=100),seq(.2,seq(0,.5,length=100))) %>% 
  mutate(y = sin(2*pi*x) + rnorm(100,sd=0.3),group = as.factor(group))



## Look at data
ggplot(d,aes(x = x,y = y,colour = group))+
  facet_wrap(~group)+
  geom_point()+
  geom_smooth()

这是ggplot中黄土更平滑的原始数据：

## fit simple GAM with smoother for X

m1 = mgcv::gam(y ~ s(x,by = group),data = d)


## base R plot
par(mfrow = c(2,2),bty = 'l',las = 1,mai = c(.6,.6,.2,.1),mgp = c(2,0))
plot(m1)


## Gavin's neat plotter
gratia::draw(m1)

以下是所有三组跨相同范围 (0,1) 的预测 GAM 拟合： 我可以将预测/绘图限制为 'x' 的实际值吗？

解决方法

如果您从 GitHub 安装当前的开发版本 (>= 0.6.0.9111)，{gratia} 现在可以执行您想要的操作。我向 smooth_estimates() 添加了一些我计划最终添加的功能，但您的帖子将它踢到了待办事项列表的顶部，并促使我现在添加它。

您可以仅使用 smooth_estimates() 来评估观察到的（或任何用户提供的）数据的平滑度，然后一点 ggplot() 重新创建大部分图。

remotes::install_github("gavinsimpson/gratia")

library('mgcv')
library('gratia')
library('dplyr')
library('ggplot2')

d <- data.frame(group = rep(c('A','B','C'),each = 100),x = c(seq(0,1,length=100),seq(.2,seq(0,.5,length=100))) %>% 
  mutate(y = sin(2*pi*x) + rnorm(100,sd=0.3),group = as.factor(group))
         
m <- gam(y ~ group + s(x,by = group),data = d,method = 'REML')

sm <- smooth_estimates(m,data = d) %>%
  add_confint()
  
ggplot(sm,aes(x = x,y = est,colour = group)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = lower_ci,ymax = upper_ci,colour = NULL,fill = group),alpha = 0.2) +
  geom_line() +
  facet_wrap(~ group)