如何解决无法使用 biopython 从 pubmed 检索文件
我正在使用此脚本从 pubmed 获取有关 covid-19 的数据
from Bio import Entrez
def search(query):
Entrez.email = 'your.email@example.com'
handle = Entrez.esearch(db='pubmed',sort='relevance',retmax='20',retmode='xml',term=query)
results = Entrez.read(handle)
return results
def fetch_details(id_list):
ids = ','.join(id_list)
Entrez.email = 'your.email@example.com'
handle = Entrez.efetch(db='pubmed',id=ids)
results = Entrez.read(handle)
return results
if __name__ == '__main__':
results = search('covid-19')
id_list = results['IdList']
papers = fetch_details(id_list)
for i,paper in enumerate(papers['PubmedArticle']):
print("{}) {}".format(i+1,paper['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']))
我在控制台中得到结果,但我想要的是自动下载诸如 XML 文件或文章文本文件之类的文件,请提供有关如何执行此操作的任何建议,我用谷歌搜索但没有找到
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。