如何解决Datajoint:关于如何处理神经科学数据管道中需要手动审查的阶段的建议?
想知道在基于数据库的科学数据管道 (datajoint) 中是否有很好的示例或建议来处理需要手动审查的步骤。例如,我们希望通过自动化管道处理我们的神经元钙成像数据的预处理和去噪/去混合,但是每个视频和每个细胞在进入数据库进行进一步分析之前都需要人工审查。处理此类步骤的最佳做法是什么?添加手动表以仅添加通过审查到下游管道阶段的数据?将手动审查之前的步骤与管道的其余部分分开(在他们自己的模式中?)?谢谢!
解决方法
自动策展
首先,您可以调用交互式 GUI 作为需要手动干预的特定表的 make
方法的一部分。它将呈现人工审查/管理/纠正的计算结果。
单独的手动策展
其次,您可以定义一个手动表来支持手动审核/策展。例如,钙成像元素中的 Curation
表遵循以下模式:https://github.com/datajoint/element-calcium-imaging
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