R markdown 文档中的绘图参数例如 xlim 和 ylim在不同的机器上表现不同

如何解决R markdown 文档中的绘图参数例如 xlim 和 ylim在不同的机器上表现不同

我和一个朋友正在用 R Markdown 编写一个文档，其中包括一些超级基本的系统发育树图。我们遇到了一个奇怪的问题，相同的 R markdown 文档会根据我们中的哪个人编写文档而产生不同的外观图。在我朋友的机器上，情节看起来不错。在我的机器上，图的边界看起来完全不同，在图周围产生了多余的空白。

我们使用的代码如下：

library(ape)

my_newick <- "(((A,B),C),D);"
my_tree <- read.tree(text = my_newick)

plot(my_tree,direction = "downwards",srt = 90,label.offset = 0.2,adj = 0.5,x.lim = c(0,5),y.lim = c(0,10),no.margin = T)

在我朋友的机器上，编织的 PDF 结果如下所示：

在我的机器上，结果如下：

只是想知道是否有人对为什么同一文档中的相同代码会产生这样的不同外观有任何想法？我在这里缺少一些基本的东西，比如我的 R 安装中的一些与绘图有关的全局设置？ 还是因为我们使用了不同的 R 版本？ （我在 3.6.2 上落后了，我想我的朋友可能在使用 v4。这是我能想到的唯一区别。我们正在编写相同的文档，我们都使用 Mac OS。） 编辑：仔细检查了这一点，我们都使用相同版本的 R (3.6.2)。我正在使用 ape 包的 v5.4-1 与他的 5.3，但仅此而已）。

解决方法

那是因为您朋友的机器有裁剪数字的工具：pdfcrop 和 ghostscript。您的机器上可能未安装这些工具。由于您没有提供您的 sessionInfo()，我不知道您的平台，因此很难提供有关安装的具体说明。如果您的 LaTeX 发行版是 TinyTeX，则可以通过 pdfcrop 安装 tinytex::tlmgr_install('pdfcrop')。请注意，如果您使用的是 Windows，则需要为 pdfcrop 安装 Perl。如果您使用的是 macOS，则可以通过 Homebrew 安装 ghostscript。