如何解决如何使用 Pandas 操作包含列表的列以删除非常相似的元素?
我有一个 Pandas DataFrame,它有 2 列:条形码和轨迹,如下所示:
locus 列包含列表 - 有些列表只有一个元素,而其他列表可以有多个元素。从圆圈值可以看出,有一些元素共享 chr 编号和最后一个编号,但与同一单元格中的其他元素相比,中间的数字略有不同。如果中间的数字之间的差异小于5,我想删除较低的对,只保留一对。
到目前为止,我已将轨迹列拆分为由“-”分隔的单独列。所以,我有 5 列,如下所示:
我不确定这是否是解决此问题的最佳方法,但有人知道如何过滤掉这些列表中与同一单元格中的其他元素如此密切相关的元素吗?
编辑:
这是示例代码(DataFrame 的字典):
ex = {'CTCTTTCTCACCCCCCTCTT': '[chr6-249253-16,chr9-188167-0,chr4-1417473-0]','CACCTATCACTACTACTTGT': '[chr11-438013-0,chr11-438014-0,chr11-438012-0]','CCCGCTATCTATTGGCTTCT': '[chr2-335519-16]','GATCCTCCCCGTTTCTTCAT': '[chr4-504274-0,chr4-504276-0]','CTATCCCTTCTCATCCTGTT': '[chr16-518323-16,chr9-285852-16]'}
example = pd.DataFrame(ex.items())
example = example.rename(columns={0: "barcode",1: "locus"})
print(example)
这是结果的图片,并在元素周围圈起来,其中中间值几乎与同一单元格中同一列表中其他元素的中间值相同。我想删除几乎相同的元素,只保留其中一个。
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