预订重现性

如何解决预订重现性

我正在处理一个大规模的bookdown 项目。源在 git repo 中，我们有两个作者和各种计算机。我们发现我们无法复制这本书 - 每台机器的构建方式略有不同，导致分页略有不同，最终导致 500 页以上的书中出现 2-3 页长度的变化。

作为一个具体的例子，我在两台 Mac 上构建了这本书，并且包都更新了。具体：

R 4.0.5
pandoc 2.13
预订 0.22
rmarkdown 2.8
降价 1.1
knitr 1.33
造型器 1.4.1

我无法解释为什么我们得到不同的输出。我们得到了不同的 .md 文件，所以它看起来像是工具链的 bookdown/markdown/knitr 部分。这是其中的几行：

19c19
< {\centering \includegraphics[height=3in]{images/facecone} 
---
> {\centering \includegraphics[width=9.17in,height=3in]{images/facecone} 
684c684
< mean(replicate(10000,t.test(rnorm(10,1),mu = 1)$p.value < .05))
---
> mean(replicate(10000,mu = 1)$p.value < .05))

大多数差异似乎是由于 styler，因为我们使用的是 knitr::opts_chunk$set(tidy="styler") 书中的选项。不过，我仍然不明白为什么它在两台机器上的行为会有所不同。包含图形的差异一定是由于其他原因造成的。

当我们深入到本书的最终布局时，当我们无法在不同的机器上获得相同的结果时，就很难完成工作。对可能影响我们构建的其他环境因素的任何猜测将不胜感激。

感谢@yihui 的帮助，这里有更多信息应要求...

> xfun::session_info(c('rmarkdown','bookdown','styler'))
R version 4.0.5 (2021-03-31)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.7,RStudio 1.4.1106

Locale: en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / C / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8

Package version:
  backports_1.2.1   base64enc_0.1.3   bookdown_0.22     cli_2.5.0        
  crayon_1.4.1      digest_0.6.27     ellipsis_0.3.2    evaluate_0.14    
  fansi_0.4.2       glue_1.4.2        graphics_4.0.5    grDevices_4.0.5  
  highr_0.9         htmltools_0.5.1.1 jsonlite_1.7.2    knitr_1.33       
  lifecycle_1.0.0   magrittr_2.0.1    markdown_1.1      methods_4.0.5    
  mime_0.10         pillar_1.6.1      pkgconfig_2.0.3   purrr_0.3.4      
  R.cache_0.15.0    R.methodsS3_1.8.1 R.oo_1.24.0       R.utils_2.10.1   
  rematch2_2.1.2    rlang_0.4.11      rmarkdown_2.8     rprojroot_2.0.2  
  stats_4.0.5       stringi_1.6.2     stringr_1.4.0     styler_1.4.1     
  tibble_3.1.2      tinytex_0.31      tools_4.0.5       utf8_1.2.1       
  utils_4.0.5       vctrs_0.3.8       withr_2.4.2       xfun_0.23        
  yaml_2.2.1       

Pandoc version: 2.13

session_info 的结果在两台机器上是相同的（用 diff 检查），唯一的例外是我的另一台计算机运行的是 macOS High Sierra 10.13.6。

renv 听起来我们应该开始了，谢谢你的提示。

我从 .tex 文件的差异开始，我非常确信这些文件中的唯一差异来自 .md 文件中的差异。它们都是 Tok 命令的问题，在这里和那里有额外的空格和换行符（以及包含图形的更改）。尝试区分 tex 日志文件具有挑战性，因为行号不匹配，因此每个未满的 hbox 警告都显示在 diff 中，但我已经查看了它们，除了行号不匹配之外，日志匹配。

再猜测一下 - 这可能是由 .Rproj.user 中的某些东西引起的吗？它位于 .gitignore 文件中，因此两台机器之间可能不同步。

另一个更新：我关闭了 styler，这消除了除 includegraphics 更改之外的所有差异。我们使用了很多图形，唯一导致这种差异的两个是我们指定 out.height 的图形。通常我们设置out.width。

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