如何解决在集群执行失败后保留 Snakemake 作业脚本?
我有一个工作流可以在我自己的机器上正确运行,但在提交到集群时失败。该错误似乎是在设置环境变量的地方编写的作业脚本上的外壳问题:
/nfs/mypath/test/.snakemake/tmp.m80omc9q/snakejob.retrieve_data.3.sh:
line 3: NEW_ACCESSION='E-CORN-1' ACCESSIONS='E-MTAB-4395,E-MTAB-4342,E-MTAB-4128,E-MTAB-3826,E-MTAB-3173,E-MTAB-964,E-GEOD-62778,E-GEOD-54272'
COVARIATE_TYPE='characteristic'
BATCH='study' COVARIATE='organism part'
CACHE_PATH='/other-path/baseline-merge-cache': No such file or directory
但是,由于作业脚本被删除,我无法检查 shell 脚本以了解问题。在snakemake完成/检查失败后,有没有办法保留这个文件?
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