如何解决mambaforge,pycharm 解释器中的 conda 可执行路径为空Linux mint 20
我已经使用 conda
安装了 mambaforge
环境以使用 snakemake
。我已按照 Snakemake setup tutorial 的说明安装 mambaforge
。我已经创建了环境并创建了一个 .py
文件,但是当我尝试运行它时,它显示的是纯代码而不是编译它。当我去修复它并在我的 Conda environment
中添加一个 PyCharm interpreter
时,它显示了以下错误:
我尝试通过浏览到 conda executable path
添加 mambaforge/bin/conda
,但它仍然显示错误。
我也尝试使用 which conda
来找到正确的路径,但我没有给我提供以下显示的路径,而是在 which conda
环境以及我的设置环境中尝试了 conda base
,它返回的所有内容如下:
我确定我的 conda 环境设置为 conda --version
命令显示我已安装的版本。
解决方法
我不知道 mambaforge conda 发行版,我使用 Anaconda/Miniconda 发行版并安装了 mamba 模块,所以我可以使用终端(即从命令行)创建一个 snakemake 环境并在 PyCharm 设置中注册为 Python 解释器作为“Conda 环境 | 现有环境”(请参阅您的第一个屏幕截图)。
所以我建议你:
- 检查“现有环境”是否适合您,例如能够找到您的 conda 环境(例如 base 或其他环境)。
- 您可以在my detailed guide的帮助下设置 Anaconda/Miniconda + mamba + 配置 PyCharm 以使用 Snakemake。
P.S:我总是使用命令行运行 snakemake 脚本,例如从捆绑到 PyCharm 的终端,或者只是系统终端应用程序或远程服务器上。我不使用 PyCharm 运行配置。至于 PyCharm,我将它与 SnakeCharm 插件一起使用,以获得良好的 snakemake 和 python 代码编辑支持
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