如何解决仅删除 txt 文件中的部分字符行 - chr string
我想使用 bash 删除以下 txt 文件中的字符串“chr”:
FO538757.1 chr1:183937
AL669831.3 chr1:601436
AL669831.3 chr1:601667
AL669831.3 chr1:609395
AL669831.3 chr1:609407
AL669831.3 chr1:611317
所以最终文件看起来像:
FO538757.1 1:183937
AL669831.3 1:601436
AL669831.3 1:601667
AL669831.3 1:609395
AL669831.3 1:609407
AL669831.3 1:611317
-
我检查了以前的线程并尝试过:
sed 's/^chr//' awk 'BEGIN {OFS=FS="\t"} {gsub(/chr1/,"1",$2)}2'
-
他们都没有工作。这里有比 awk 更好的选择吗?
谢谢!
解决方法
我怀疑你真正需要的是:
sed 's/chr//' file
,
您可以使用 sed
和两个表达式轻松完成此操作,(1) 第一个删除 chr
,第二个删除前导空格,例如
sed -e 's/chr//' -e 's/^[[:blank:]]*//' file
示例使用/输出
如果您在名为 file
的文件中输入,您会
$ sed -e 's/chr//' -e 's/^[[:blank:]]*//' file
FO538757.1 1:183937
AL669831.3 1:601436
AL669831.3 1:601667
AL669831.3 1:609395
AL669831.3 1:609407
AL669831.3 1:611317
,
使用您显示的示例,请尝试以下操作。简单的解释是:在第 2 个字段中用 NULL 替换起始 chr 然后打印该行,这将导致当前行的重建,并且初始空格也将从行中删除。
awk '{sub(/^chr/,"",$2)} 1' Input_file
如果您的 Input_file 是制表符分隔的并且在文件开头有制表符,请尝试以下操作:
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} {sub(/^chr/,$3);sub(/^\t+/,"")} 1' Input_file
,
将 bash
shell 与 Parameter Expansion 和 mapfile
aka readarray
一起使用
#!/usr/bin/env bash
shopt -s extglob
mapfile -t array < file.txt
array=("${array[@]##+([[:space:]])}")
printf '%s\n' "${array[@]/chr}"
在脚本中 extglob
必须启用,但在命令行中它可能已经启用,所以在一行中
mapfile -t array < file.txt; array=("${array[@]##+([[:space:]])}"); printf '%s\n' "${array[@]/chr}"
对于大量数据/文件来说会很慢,jfyi
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