如何解决协助编写awk脚本版python代码生成计数矩阵
我没有发现任何与此类似的问题...
我有这个 python 脚本来从只包含序列的文件中生成一个计数矩阵，但它需要永恒运行，但我知道 awk 会做得更快。我不太擅长 awk，但希望有人能够提供帮助。 python脚本如下：
numFiles = int(sys.argv[1])
allParams = int(numFiles + 4)
key_file = sys.argv[2]
out_file = sys.argv[3]
#open the output file
outHandle = open(out_file,'w')
#Open key file and read one line at a time
with open(key_file) as kf:
for eachline in kf:
temp_list = [0] * numFiles
kSeq = eachline.strip(' \t\n\r')
upRange = int(numFiles + 4)
for i in range(4,upRange):
with open(sys.argv[i]) as f:
for eachline in f:
seq = eachline.strip(' \t\n\r')
if (kSeq == seq):
curr = int(temp_list[i-4])
nw = int(curr + 1)
temp_list[i-4] = nw
else:
continue
outHandle.write(str(kSeq) + "\t")
for ind,item in enumerate(temp_list):
lastItemIndex = numFiles - 1
if(ind == lastItemIndex):
outHandle.write(str(item) + "\n")
else:
outHandle.write(str(item) + "\t")
尝试创建一个示例：
输入：一个keyFile，X个其他文件（所有输入文件基本上只是单列中的单词） 输出：包含X个文件中keyFile中单词出现次数的矩阵。
密钥文件：
| 词 |
|---|
| 一个 |
| 两个 |
| 三个 |
| 四个 |
| 五个 |
文件 1：
文件 2：
输出：
| 词 | file1 | file2 |
|---|---|---|
| 一个 | 2 | 3 |
| 两个 | 1 | 2 |
| 三个 | 3 | 3 |
| 四个 | 2 | 1 |
| 五个 | 1 | 0 |
我希望这个插图更清晰。
谢谢
解决方法
所以，经过广泛的阅读和尝试，我得到了我想要使用代码实现的目标
awk 'fname != FILENAME { fname = FILENAME; idx++ } idx == 1 {key[$0] = $0 } idx == 2 {if($1 == key[$1]){ f1[$1] += 1 }} idx == 3 {if($1 == key[$1]){ f2[$1] += 1 }} END {for(seq in key) print seq "\t" f1[seq] "\t" f2[seq] }' keyFile file1 file2
感谢大家的投入。
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