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将 BioPython.Phylo 距离矩阵转换为 Pandas 数据框

如何解决将 BioPython.Phylo 距离矩阵转换为 Pandas 数据框

我想将 Phylo.TreeConstruction.distanceMatrix 转换为 pandas 数据帧,但不知道该怎么做。有人知道怎么做吗?

    alignment = AlignIO.read(align,"fasta")
    calculator = distanceCalculator('identity',)
    dismat = calculator.get_distance(alignment)

解决方法

这可行,但感觉很脏:

for disLis in dismat:
      distances.append(disLis)
dismatDF = pd.DataFrame(distances)

它获取 Phylo 对象中的每个列表并将其附加到列表列表中,然后制作此数据框。

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