如何解决将 BioPython.Phylo 距离矩阵转换为 Pandas 数据框
我想将 Phylo.TreeConstruction.distanceMatrix
转换为 pandas
数据帧,但不知道该怎么做。有人知道怎么做吗?
alignment = AlignIO.read(align,"fasta")
calculator = distanceCalculator('identity',)
dismat = calculator.get_distance(alignment)
解决方法
这可行,但感觉很脏:
for disLis in dismat:
distances.append(disLis)
dismatDF = pd.DataFrame(distances)
它获取 Phylo
对象中的每个列表并将其附加到列表列表中,然后制作此数据框。
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