无法制作用于差异基因分析的缩放热图

如何解决无法制作用于差异基因分析的缩放热图

我是 R 的新手，所以请放轻松，我无法为我的基因生成热图。我使用 DESeq2 包进行了差异基因分析，发现了 30 个下调幅度最大的基因，细胞系的 fdr

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = GSM_subset,colData = subset,design = ~ Condition)

d_analysis <- DESeq(dds)
res <- results(d_analysis)
res

nrow(dds)
dds <- dds[rowSums(counts(dds)) > 1,]
nrow(dds)        


mcols(res,use.names = TRUE)
summary(res)

resLFC1 <- results(d_analysis,lfcThreshold=3)

table(resLFC1$padj<0.05)
resLFC1 <- resLFC1[complete.cases(resLFC1),]
resLFC1
resSig <- subset(resLFC1,log2FoldChange=-3)
resSig <- subset(resLFC1,padj<0.05)
top30=head(resSig[ order(resSig$log2FoldChange),],30)
top30<-as.data.frame(top30)

library(pheatmap)
pheatmap(top30)

解决方法

基因组学环境中的热图通常使用 log2 尺度上的缩放（即 Z 变换）归一化计数，或类似的变换，例如 vst 包中的 rlog 或 DESeq2 .

鉴于您已经使用了 DESeq2，您可以将 dds 作为您的 DESeqDataSet：

vsd <- assay(vst(dds)) # log-normalized and variance-stabilized counts
Z   <- t(scale(t(vsd))) # z-transformation
Z.select <- Z[your.genes.of.interest,] # subset to genes of interest

...然后使用您选择的热图包。