在 BASH 中连接多组 2 个 fastq 文件

如何解决在 BASH 中连接多组 2 个 fastq 文件

我正在尝试合并来自同一个测序库的多组 2 个 fastq 文件。我有一个 txt 文件，其中包含所有示例名称。样本是双端测序的，因此每个样本都有 _1.fastq.gz 和 _2.fastq.gz 文件。

SRR_Acc_list.txt
SRR1
SRR2
SRR3
SRR4
...

以下代码是我想要实现的：将读取 1 和读取 2 的 SRR1 和 SRR2 合并到输出文件夹 combine_fastq 中的一个 fastq 文件中。

cat SRA/SRR1_1.fastq.gz SRA/SRR2_1.fastq.gz > combined_fastq/SRR1_1.fastq.gz

cat SRA/SRR1_2.fastq.gz SRA/SRR2_2.fastq.gz > combined_fastq/SRR1_2.fastq.gz

我无法弄清楚如何为其余示例执行此操作。如将SRR3和SRR4、SRR5和SRR6等组合成一个循环。

解决方法

像 StackOverflow 上的大多数人一样，我不了解生物信息学、fastq 或 “paired-ends”，但是我可以重现您似乎想要的模式：

void setUpUsers () async  {



firebaseUser = context.watch<User>();
userID  = firebaseUser.uid;
fastFoodHealthEUser =  Provider.of<FastFoodHealthEUser>(context,listen: true);


this._getMoreData();


}



void _getMoreData() async {




if(fastFoodHealthEUser!=null){




    Calories = fastFoodHealthEUser.todaysCal;

    print("Just testing this: " + Calories.toString());

    sodium = fastFoodHealthEUser.todaysSodium;

样本输出

xargs -n2 < SRR_Acc_list.txt |
   while read a b ; do
      for c in 1 2 ; do
         echo $a,$b,$c
      done
   done