微信公众号搜"智元新知"关注
微信扫一扫可直接关注哦!

我可以为 snakemake 定义默认配置文件吗?

如何解决我可以为 snakemake 定义默认配置文件吗?

documentation 中,我知道我可以定义配置文件并通过

snakemake --profile <name>

我可以将这些配置文件之一设为认配置吗(在我输入时使用 命令 snakemake)?

在 .bashrc 中定义别名是一种解决方法。但是,我想知道是否有“官方”的蛇形解决方案。

Sideremark:我对蛇形配置文件的最初动机是定义 认的核心数,这样我就不必总是输入

snakemake -j [cores]

认的核心数是“无”(对于我使用 conda 安装snakemake)。

解决方法

Description of --profile option

--个人资料
用于配置 Snakemake 的配置文件的名称。 Snakemake 将在 /etc/xdg/snakemake 和 /home/docs/.config/snakemake 中搜索相应的文件夹。或者,这可以是绝对或相对路径。配置文件文件夹必须包含一个文件“config.yaml”。此文件可用于为 YAML 格式的命令行选项设置默认值。例如,“--cluster qsub”在 YAML 文件中变为“cluster: qsub”。个人资料可以从 https://github.com/snakemake-profiles 获得。

如果您的个人资料位于 /etc/xdg/snakemake/home/docs/.config/snakemake 下,snakemake 会自动使用它们。

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。