agrep 模糊搜索 - 结果数量没有意义

大家好！

这个问题源自上一个问题 here 但代表它本身。

我正在使用 agrep 在大型 DNA 文本文件中搜索具有 2 个允许不匹配的字符串，该文件只有来自先前 agrep 搜索的具有相同设置的行。所以每一行都应该包含一个匹配项！我假设 agrep 每行搜索一次...

问题：

wc -l temp_R1_GCTCTTCCGATCT_M2.txt -> 9583 行

agrep -2 -c 'GCTCTTCCGATCT' temp_R1_GCTCTTCCGATCT_M2.txt -> 9570。

agrep -2 'GCTCTTCCGATCT' temp_R1_GCTCTTCCGATCT_M2.txt | wc -l -> 9566。

-d '$' 应该是标准的 -.-
agrep -2 -c -d '$' 'GCTCTTCCGATCT' temp_R1_GCTCTTCCGATCT_M2.txt -> 9580

更奇怪的是：
agrep -2 -c 'GCTC' temp_R1_GCTCTTCCGATCT_M2.txt -> 9662（超过所有行？）
agrep -2 -d '$' -c 'GCTC' temp_R1_GCTCTTCCGATCT_M2.txt -> 9609

来自man agrep的一个可能的答案：

以下可能导致无限循环： agrep 模式 * > output_file。如果匹配的数量很多，它们可能会存放在 output_file 中在它被完全读取之前导致 output_file 中模式的更多匹配（匹配针对整个目录）。不是明确这是否是一个“错误”（grep 也会这样做），但要注意。

我用不同的文件对此进行了测试。有时它确实有效，但在大多数情况下，我无法理解这是如何发生的。 -d '$' 很烦人。

最后我将使用不同的方法进行模糊搜索，但这并不能让我入睡。到底是怎么回事？我可以信任agrep吗？